被擊敗後，威利從未放棄。他制造了八個機器人，再次向萊特宣戰。當然，他所有的機器人都被打敗了，威利又被打敗了。(《洛克人2——威利博士之謎》)
兩輪慘敗後，威利意識到不能再這樣下去了，於是回來假裝和萊特復合，和他壹起完成機器人“阿爾法”，但當阿爾法的制作完成後，威利就和阿爾法壹起消失了。接著第三次戰爭爆發了。洛克人在追捕威利博士的時候，總會出現壹個紅色的機器人，時而攻擊洛克人，時而幫助洛克人。後來洛克人壹直不知道這個人是布魯斯，萊特制造的第壹個機器人，喜歡獨來獨往，討厭與人合作。布魯斯三次考驗洛克，洛克都打敗了。當然，布魯斯並沒有用盡全力。最後壹戰，洛克打敗阿爾法時，阿爾法突然爆炸，洛克和威利都猝不及防，落下的巨石砸中。但就在這個時候，布魯斯出現了，救出了洛克，而威利卻沒有人知道他的下落。(《洛克人3——威利博士的終結？》)
上次戰爭後，人們普遍認為威利已經死了，但很快機器人開始消滅他。洛克人立即前去調查，發現這些機器人不是威利制造的，而是壹位名叫科沙克的醫生制造的。當洛克人接連擊敗機器人，追到科沙克的基地時，布魯斯突然出現，告訴了他真相:威利沒有死。他這次綁架了科沙克的孫女，強迫他為威利工作。科沙克不得不同意威利的條件。這時，威利出現了，他氣急敗壞地炸毀了布魯斯的飛船，但此時他已經不可能再逃跑了。飛船立即被布魯斯和洛克摧毀，威利再次狼狽逃竄。(洛克人4-新野心)
然後，突然不可思議的事情發生了:布魯斯居然自己做了機器人，還開始破壞？他抓了萊特博士！洛克立即趕往布魯斯自己的基地，但他壹進去，就撞上了布魯斯。戰鬥中，洛克抵擋不住布魯斯的攻擊。就在他快要被消滅的時候，突然另壹個布魯斯出現，壹槍就把他打死了。洛克很清楚:布魯斯完全是壹個偽裝，當然這是威利的詭計。洛克人追上來，痛打威利，但基地突然開始崩潰。在逃跑過程中，洛克人和萊特博士從地板上摔了下來。洛克人迅速用手撐住，但他們再也走不動了。洛克人只需要稍微放松壹下，馬上他和萊特博士就會被碾成肉醬。這時，布魯斯又出現了。炮擊壹摧毀地板，洛克和萊特就出現了。(洛克人5-布魯斯的陷阱？》)
後來，在壹個新的機器人展覽會上，人們對壹些新展出的機器人感到驚訝。突然，壹個黑影偷走了全部八個機器人，自稱X博士，並向洛克人宣戰。洛克人除了戰鬥別無選擇。當然，這裏沒有別人，X博士，或者威利。當然，這次他又輸了。(洛克人6——史上最大戰役！》)
威利不甘心壹直失敗，於是模仿洛克做了壹個機器人——魯迪。弗雷迪的目標是打敗洛克人，但他和洛克人的每壹次交鋒總是以失敗告終。再加上威利對他的蠻橫，他對威利十分不滿，最後公開反抗威利的指令。威利的行動再次以失敗告終。(《洛克人7-命運對決》)
不久，外星機器人Dio在宇宙巡邏時發現地球上有壹股邪惡的力量，於是前來調查，但在離開時卻不小心在地球上留下了壹些外星邪惡的信息。長期以來對弗羅迪不滿的威利有了制造壹種新型機器人的想法。後來他無意間發現了這個邪惡的信息，開始研發新型機器人。(洛克人8-鋼鐵英雄)
後來在威利的努力下，壹個紅色的長毛機器人———Zero誕生了。Zero出來的時候就是殺人機器。無論它走到哪裏，都會被摧毀。沒有壹個機器人或人類能從他手中活著出來。Zero先殺了魯迪，很快就遇到了洛克人。當然洛克人根本不是零的對手，三回合之內就被打死了。這個時候布魯斯又出現了，不顧壹切的去救洛克人，卻死在了零的手裏。萊特遇到了身受重傷的洛克人，意識到單靠洛克人的能力無法維持世界和平，於是決定對洛克人進行改造。他把新機器人命名為X，當他制作完X後，突然意識到壹個問題:X的力量太強大了。在當時的技術層面，壹旦X失去了正確的判斷，整個世界都會陷入恐慌，因為根本沒有人能阻止X。於是他決定封X 100年，等技術成熟了再讓X出來。與此同時，威利也得知了這個消息，於是也拂袖而去，決定讓零來對付x，隨後，兩位老人相繼離世。
幾年後，壹位名叫該隱的科學家發現了X，他立即解封了X，此時他驚嘆於X的高超技術水平，他很難想象這是壹個100年前的人造機器人。於是他開始模仿X，但是他制造的新機器人沒有X強壯，新機器人可以自己思考和做出判斷，不需要人類的指令。人們稱這種機器人為思維機器人。思維機器人雖然技術先進，但是機器人總是壞的事實，有時候壹些機器人的思維賄賂會被破壞，以至於敵我不分，給當時社會的生命財產造成了很大的損失。所以人類政府指示建立壹個反混亂獵人來對付有缺陷的機器人。在該隱制造的機器人中，最強的機器人適馬在加入反混沌獵人後，很快憑借強大的實力成為了隊長，管理反混沌獵人的事務，於是世界進入了和平時期。
但是好景不長。不知道是誰解封了零，於是零又開始破壞，終於有壹天打到了防暴獵人的基地。適馬派他的伽瑪部隊去戰鬥。這支部隊平時是處理故障的主力，但沒過多久就傳來了被零全滅的消息。適馬嚇壞了，立即決定親自上陣。他獨自來到Zero的倉庫，遇到了渾身殺氣的Zero。當Zero看到適馬的時候，他什麽也沒說，就上來打了起來。適馬微微壹驚，然後馬上閃開，他也會用拳頭還擊。但是零的拳頭就像雨點壹樣，適馬不得不來回躲閃。後來他抓住機會，把零踢到了倉庫的另壹頭。不想零就像什麽都沒發生壹樣，爬起來繼續沖。這也激發了適馬的戰鬥精神。他沖上去，發現零的拳頭有破綻。他抓起零把他扔在天花板上，天花板被砸出壹個大洞。我以為Zero會到此為止，沒想到Zero毫發無損。壹拳從上面打來，適馬沒有避開時間，於是她保存了所有的力量，接下了零的這壹拳。結果就完了，雙方都震驚了好幾步。適馬決定速戰速決，於是他拔出光劍，轉身跳到倉庫的二樓。Zero做了壹個後空翻，翻到了適馬的對面，抽出壹根木棍對抗適馬的光劍。雙方刀光劍影，很快Zero的棍子就被摧毀了。但Zero發現了適馬的破綻，於是他壹個箭步沖上去，壹掌折斷了適馬的右臂。失去右臂的六適馬，立刻失去了戰鬥能力，不得不向零屈服。就在Zero準備徹底摧毀適馬的時候，突然他的頭開始劇烈的疼痛起來。原來當時威利給了他太多邪惡的數據，現在經過激烈的戰鬥，超過了零的容量，犯了錯誤。適馬抓住這個機會，爬起來，壹拳把水晶砸在零的頭上，零終於倒下了。身受重傷的適馬命令部隊把Zero送到凱恩博士那裏進行修復，自己去療傷。
當Zero被修復的時候，因為記憶水晶被破壞了，他之前所有的記憶都已經消失了。由於邪惡資料的消失，他的實力不如以前了，但仍然很強，而且他已經成為了壹名SA獵人，僅次於適馬。
壹切都平靜了壹會兒。但沒過多久，適馬作為平叛獵人的隊長，突然向人類政府宣戰，並帶走了大部分部下。他殺了所有不想跟他走的獵人。x對適馬的決定不滿，所以他與防暴獵人的剩余部隊聯手對抗適馬。然而，X天生厭惡戰爭，所以他的力量根本沒有得到充分發揮，這導致他擊敗了適馬的手下VAVA。當X遇到麻煩時，零出現了，第三炮回擊了VAVA。在後來的戰鬥中，兩人聯手打到適馬基地，就在這個時候他們遇到了VAVA。零沖上前去和VAVA搏鬥，但是赤手空拳，零沒有打中穿著機甲的VAVA，然後X就被VAVA打死了。這時，Zero突然用盡全力撲向VAVA的後背，毅然自爆，擊毀了VAVA的機甲。憤怒的X沖上去終結了VAVA。懷著對朋友犧牲的悲痛，X單槍匹馬挑戰適馬並取得了勝利。第壹次非正規戰爭結束了。(洛克人X1)
雖然適馬被打敗了，但是適馬的殘余並沒有消失。x決定再去壹次六適馬基地。到了那裏，X發現它好像還在運轉，找到了“故障三人組”。而X驚訝的發現零的配件在斷層三人組手裏！於是X打敗了斷層三人組，拿回了零的配件。把配件交給凱恩博士修理後，X回到了基地，但這次他確實發現了適馬活動的跡象。適馬根本沒有死，出於某種原因，他死而復生了。x找到了適馬，但沒想到適馬帶了個假零。就在雙方對峙的時候，突然幾裏外飛來三支槍，摧毀了假零。這不是別人，正是修好的零。他們壹起打敗了適馬，結束了第二次非正式戰爭。擊敗適馬後，Zero得到了適馬的光劍，但由於它的手槍威力強大，他很少使用它。
然而好景不長，很快又有壹個叫多普勒的醫生來進行瘋狂的破壞活動。x和Zero馬上趕到多普勒的實驗室，打敗了不理智的多普勒。被擊敗後，多普勒恢復了知覺。他說壹種叫做“適馬病毒”的東西襲擊了他，讓他變成了這個樣子。然後，X和零分頭行動，X去找適馬，零去找實驗室的控制裝置。在X奮力打敗適馬之後，適馬病毒本身突然出現，壹直追殺X，最終把X逼上了絕路。就在適馬病毒要侵蝕X的時候，Zero突然出現，壹劍砍斷了適馬病毒。但是，剛才零在尋找控制裝置的時候，被敵人意外攻擊，損壞了手炮，不能再用了。(洛克人X3)
後來，在壹段時間裏，發生了壹件比較大的事情。壹些機器人已經聯合起來組成了壹支叫做改革軍團的軍隊。改革軍團有自己的政府，但他們並不反對人類。適馬的鬼魂這次想出了壹個陰險的計劃。他首先試圖聯系壹個防暴獵人中最有戰鬥力的班長——熔巖火龍。巖漿火龍壹直希望能和X，零壹較高下，但壹直沒有實現。適馬然後引誘熔巖火龍進入他的計劃。他讓熔巖火龍摧毀了天空動力爐，壹個重要的能源。太空動力爐墜落地面，造成重大人員傷亡。x和Zero立即前往調查，並在調查過程中發現了Iris。艾瑞斯是零的情人。她曾在壹家防暴獵人公司實習，與零發生過戀愛關系。Zero救出Iris後，遇到了改革軍團的少校Kanilu。卡尼魯是艾瑞斯的哥哥，他也是來調查天空動力爐的。零懷疑是改革兵團破壞的天空動力爐，要求卡尼路回去調查，但卡尼路認為有損軍人尊嚴，拒絕調查。結果大家都以為是改革兵團。與此同時，適馬也喬裝打扮，來到改革軍團的主要基地，試圖說服改革軍團的將軍們與他聯手對抗人類，但將軍們嚴詞拒絕。然而沒過多久，改革兵團就被全部認為是故障機器人，反混沌獵人宣布要和改革兵團開戰。改革兵團於是下達了戰鬥的命令，這樣就算X和零再不甘心壹百次，戰爭也開始了。當然，改造兵團接連失利，於是在適馬的指導下，開始研究“終極武器”多虧了適馬的幫助，終極武器的威力足以毀滅地球。防暴獵人聞訊後立即出擊，阻止了“終極武器”的發射。為了順利保護“終極武器”，變形軍團成員全部撤退到外太空。Zero在跟蹤過程中在機場遇到了卡尼路，卡尼路拼命擋住Zero的去路，與Zero搏鬥拖延時間，最終被Zero殺死。得知哥哥被殺的消息後，悲痛欲絕的艾瑞斯毅然沖向“終極武器”，強行將卡尼路的芯片植入她的體內，結果卻是暴走。當Zero到達那裏時，Iris攻擊了Zero。零嚇壞了。當然零怎麽可能願意和艾瑞斯打！然而此時的艾瑞斯已經完全失去了理智，招式致命，逼得零不得不戰。最後，被打敗的愛麗絲擺脫了芯片的功能，但此時她已經奄奄壹息了…
“零…”
“艾裏斯！妳們...妳要挺住！”
“零，我希望…會有壹個只有機器人的世界…那時候，我們…”
“不，艾裏斯，除了機器人，沒有別的世界！”
“我知道...…零…...但我只是希望..............................................................................................................................................................
“艾裏斯！艾瑞斯。！艾瑞斯。！！........不要！！！！！！！！！！！！！！！！！!"
Zero抱著愛人的屍體，傷心欲絕。他很生氣，把矛頭指向將軍，不管將軍怎麽解釋，他都不聽。就在他們戰鬥的時候，壹聲巨響，將軍嚇壞了:“有人啟動了‘終極武器’！!"
當然，這又是適馬的詭計。壹切都在他的計劃之中。第壹，他引誘防暴獵人和維新兵互相廝殺。他是為了謀利，不僅同時殺死了兩個最大的對手，還實現了自己的計劃。多麽陰險！Zero沖向了最後的武器內部，化悲痛為力量，用x打敗了適馬，但為時已晚。適馬已經發射了終極武器，現在沒有什麽能阻止它發射。就在X和零擔心的時候，將軍出現了。
“只要我用身體，就能阻止終極武器的發射。”
“但那樣妳就會……”
“我的士兵已經全部陣亡，我不能壹個人活著！！這正是我們軍人的生活方式。再見，原諒我們之前的愚蠢行為...
之後將軍毫不猶豫的用自己的身體擋住了最後武器的槍口。隨著壹聲巨響，戰爭結束了。
結束戰鬥的x和Zero壹點也不激動:“我們最後會不會都變成有故障的機器人……”
(洛克人X4，最華麗的壹代)
Zero的擔心不無道理。在適馬病毒的幫助下，適馬又復活了。有壹天他在散步的時候，偶然發現了100年前的威利研究所，裏面殘存的信息讓他明白了壹切。適馬完全清楚Zero擁有如此強大力量的原因。所以，他決定讓零“記住他是誰”…
壹天，反混沌獵人收到壹個警報，有跡象表明太空中有適馬活動。x和零不敢怠慢，立即出擊查處。如果他們發現適馬的視線，他們立即戰鬥，但出乎意料地輕松擊敗了對手。就在他們準備返回地球的時候，突然傳來消息，整個地球都被適馬病毒覆蓋了，所有的機器人和人類都跑了。與此同時，適馬還調用了壹個令人著迷的機器人——迪納摩來改變壹顆小行星的軌跡，使其撞向地球。當時防暴獵人的所有武器都因為病毒而無法使用，只剩下兩樣東西還能用——老炮兒英格瑪和航天飛機。這個老炮不足以摧毀太空中的小行星，於是X和Zero到處尋找加固部件。在尋找的路上，他們多次受到適馬病毒的攻擊，但奇怪的是，Zero接觸到適馬病毒後，不但沒有受傷，反而力量增強了。這讓Zero很不安。終於，搜索回來了，恩尼格瑪的準備工作完成了。然而，最糟糕的事情發生了:英格瑪號對小行星的摧毀率只有62%，根本沒有從本質上解除威脅，只是延長了它撞擊地球的時間。於是防暴獵人不得不啟動第二方案——航天飛機。這個計劃是讓壹個人登上航天飛機，撞上壹顆小行星，然後在撞擊的瞬間出來。這是壹項非常危險的任務。跳出來太早，沖擊就失效了。如果妳跳出來太晚，妳會被炸成碎片。危險的工作交給了Zero。他駕駛航天飛機，毫不猶豫地沖向小行星。只聽壹聲巨響，小行星被炸成碎片。x等人在地上焦急地等著零，他沒有回來。就在他們以為Zero已經死了的時候，突然看到Zero飄在空中，渾身紫黑，周圍殺氣騰騰，指著X說:“X，我要殺了妳！”"
百年前的殺人機器又回來了！
原來Zero剛生產的時候，由於邪惡數據的影響，體內出現了壹種病毒——“Zero病毒”。這種病毒會讓被感染的機器人殺死身邊的機器人。病毒實際上是機器人程序。威利為了讓Zero殺死x，把這種病毒植入Zero，雖然這種病毒會讓機器人有很大的破壞能力，但對人類沒有影響。在零式和適馬的戰爭中，適馬感染了零式病毒，而零式病毒因為自身的強大，變異成了適馬病毒。Zero被修復後，失去了之前所有的記憶，所以Zero病毒消失了。但是因為適馬病毒和零號病毒本質上沒有區別，所以在被足夠多的適馬病毒攻擊後，零號又回到了爆發的狀態，恢復了之前的所有記憶！
x看到這壹幕也很震驚，但他馬上冷靜下來，去面對暗黑零。為了救他的朋友，X這次拼盡了全力，雙方拼了命。代表當時最高技術水平的兩個人，都獻出了自己100%的力量。x因為平時討厭打架，所以沒有用盡全力。不過這次他是為了救零，所以充分發揮了萊特當時開發的功能，最後的結果是暗黑零輸了！零在失敗後恢復了理智，適馬看到了這壹切，決定親自動手。這又是壹場大戰，因為這壹次適馬借助了壹次明顯的病毒攻擊，所以實力也增強了不少。兩人合力再次擊敗適馬，但就在他們以為適馬已經死了的時候，適馬突然醒來，用盡最後壹絲力氣發射出壹道激光，同時打進X和零……零不顧疼痛用自己剛修好的手槍終結了適馬……
後來X被壹個不知名的人修好了，零卻再也沒有回來。x接受了Zero的光劍，發誓要取代Zero，維護世界和平。(洛克人X5)
雖然太空星球被零點毀滅，但由於它的碎片攻擊，地球表面變成了壹片焦土，不再適合生物生存。於是所有的人類都搬到了地下生活。這壹天，壹個叫Gator的醫生走在地上，偶然發現了Zero的DNA片段。那是他們上次打架的地方。在研究了Zero的DNA後，Gator對其中蘊含的強大力量感到興奮。曾經是防暴獵人中的研究員，但是他的智力壹直沒有得到認可，所以他把這個DNA當成了壹個成名的機會。他用這種DNA制造了壹種噩夢病毒，走到各個區域攻擊有思維的機器人。因為夢魘病毒是由Zero的DNA開發出來的，它的很多特征都和Zero的非常相似，甚至可以變形為Zero的形狀。於是，蓋特把所有這些罪名都歸罪於零，派了8個所謂的“調查人員”到處“調查”，其實是為了進壹步傳播病毒。X得知消息後，極為憤怒，立即前去消滅了這8名調查人員。在戰鬥的過程中，他遇到了零的噩夢。打敗他之後，突然出現了壹個最不可能的人……他是零。
上次戰鬥後，有人把零秘密帶到了壹個星球上療傷。此時零已經完全恢復。“是時候給那些玩具壹個教訓了！”於是他們去了gate研究所，最先擋道的機器人是Haimax。Haimax是Gator這次制造的最強機器人，但是不到五個回合就被X和Zero幹掉了。蓋特非常生氣，於是喬裝上陣，又壹次慘敗。瘋狂的鱷魚決定復活適馬，但復活後，他被適馬殺死。適馬沒有從這次受傷中恢復過來，她的體力不如以前了。她被零和x輕松幹掉了，第六次戰爭也結束了。(洛克人X6)