即病害的成因是構成植物病害的最活躍的因素。對病原體的研究叫做病因學。植物病害的病原體可分為生物性和非生物性兩類。前者引起傳染性疾病，後者引起非傳染性疾病。
1.非生物因素
非生物因素引起的疾病沒有傳染過程，不能互相傳染。它們被稱為非傳染性疾病或生理疾病。植物的生長發育需要良好的環境條件，不適宜甚至有害的條件會影響植物的正常發育，導致病害。如養分不足或不平衡、供水不平衡、溫度過高或過低、土壤含鹽量過多、空氣中存在有毒氣體、農藥使用不當等。，會影響植物的正常生長發育。以上因素往往相互作用，情況比較復雜。非傳染性疾病的現場分布與引起疾病的某些條件的影響範圍相壹致。
2.生物因素
生物因素引起的疾病可以相互感染，有壹個感染過程，稱為傳染性疾病(infectious diseases)或傳染病。它和非傳染性疾病最大的區別在於，它具有傳染性，發病後無法恢復。其在現場的分布基於傳染性病原體的來源和傳播特征。傳染病具有獨特的感染規律和防治策略，是植物病理學研究的主要對象。引起傳染病的病原體稱為病原體，包括真菌、原核生物(包括細菌、植原體、螺原體、放線菌)、病毒、線蟲和寄生植物。
病理學也將這類病原體(真菌和細菌)稱為病原體。根據引起傳染病的病原體類型，植物病害可分為真菌性病害、細菌性病害、病毒性病害、線蟲性病害等。
由病原體引起的疾病在癥狀、感染過程和傳播途徑上都有其自身的特點。植物病害發生發展的特點往往與病原菌的生理生態特性密切相關。如黑穗病的土壤侵染性主要由黑穗病在土壤中的生活力決定，其生活力與其冬孢子的萌發特性直接相關。小麥銹病高海拔遠距離傳播的特點與銹菌單孢子的數量、生活力和侵染力有關。要掌握植物病害的發生發展規律，就必須在很大程度上揭示病原菌的特性。