(壹)涉農資金延伸審計要求高強度。
涉農資金多由財政部門或農林水土主管部門撥付，再經過鄉鎮發放給村民。中間層次和環節多，也是最容易滯留和挪用的。如果審計只看上層資金往來，很難發現相關問題的存在。只有掌握資金去向，查個水落石出，才能揭示資本運作的真實面目。
(二)農業資金審計風險高。
由於農業資金流經多個領域，涉及的管理人員素質參差不齊，是事故多發區。特別是在村級征地資金大幅增加的情況下，征地資金的管理和使用亟待加強。從實際情況來看，對村級組織的審計主要是根據同級政府的委派。很多村級組織還缺乏監督意識，民主集中制流於形式，導致深層次的風險。因為涉農資金越分散，細節越多，抽樣審查的風險就越大。
(三)農業資金審計涉及領域廣，專業性強。
三農資金可以說範圍很廣，包括農業種植、征地拆遷、農村公共設施、養老保險和合作醫療、村級財政、農村稅費減免等。農業資金審計必須對支農項目的立項、征地補償標準的執行、農業建設項目招投標的合法性和公開性、專項資金籌集的管理、村級集體經濟的運行等進行詳細審查。不同的行業有各自的行業特點和基礎。