祭祀是中國歷史文化中的特殊現象，歷史悠久，淵源深厚。和世界上的原始民族壹樣，中國的先民也經歷了自然崇拜、祖先崇拜、圖騰崇拜和神靈崇拜等階段。而將這些原始崇拜通過寺廟、村落的祭祀活動固定下來，納入國家禮儀模式進行強制遵守，則是中國的獨創。特別是在西周初期，對祠堂的崇拜已經成為宗法制度的第壹要務。為了治理國家，維護統治秩序，各種行為被規範並融入儒家的禮治思想，形成了非常嚴格完整的制度化禮儀，即禮儀制度，這壹制度自西周以來在奴隸社會和封建社會長期保存下來，對中國三千多年的歷史產生了巨大影響。
晉祠的祭祀文化特征是中國古代祭祀文化的集中體現。《晉祠誌》第七祭曾形象地描述了當時晉祠祭祀活動的盛況:“晉祠廟雖多，列為祭祀大典者，常以四歲為娛，惟聖母廟、唐叔虞廟、水母廟、王公相公廟。”“每壹個節日都是壹個深思熟慮的思想，看起來像壹個神。高粱、小米清香爽朗，以奏合奏曲聞名。於是，男男女女，忙忙碌碌，到處都是孩子，前奔後趕，獻酒、獻帛、獻祭品，各有不同的人。傅晉陽的美景盡在晉祠，而且還是四季風光，極其清新。不光是太子和孫子，還有年輕的武陵，都是高高興興的，他們在這裏也會傾家蕩產，就是窮人也會解決他們的問題，扶老攜幼，天天樂在其中。自古以來，都沒有變過。”晉祠每年春夏秋冬四點都有祭祀，香火不絕。祭祀的神靈、祖先和先賢包括玉帝、日月、文昌、董獄、山神、太鬼神、水母、河神、井神、龍神、土地神、財神、苗神、五谷神、藥王、聖母、唐侯、至聖孔子、晉生孟子、老子、關帝、宮伯子等等。俗話說“陰陽之變，生機勃勃，大地之重。他不敢比！”
晉祠祭祀的頻繁興盛與晉陽古城的命運和宗教文化的影響密切相關。晉陽古城“是暴君所在之地”，因其特殊的地理位置，自古以來就是兵家必爭之地。它“北有幽燕，南有中原鳥瞰”。“它靠近四封鎖的十字路口，控制著婺源的都城，而且是壹個巨大的城鎮，它不是壹個聖人。”在中國古代歷史上，大多數影響歷史發展的重大軍事政治事件都發生在這個舞臺上。深受戰亂和天災侵擾的晉陽太子和孫子，以及官員和普通百姓，比任何時候、任何地區都更加渴望尋求晉南府和遷址。久負盛名的晉祠距離晉陽古城僅十裏，風景秀麗，清幽寧靜，與世隔絕，獨居生活，處處有靈氣。真是寄情山河，祭祖的理想之地。
而且隋唐以來，佛教開始世俗化，儒釋道逐漸融合在壹起，進壹步推動了中國祭祀文化的發展，使祭祀文化與宗教色彩融為壹體。這壹時期，以五臺山佛教聖地為中心的新、冰、汾地區的盛興佛教也深深地影響了晉祠的祭祀文化。特別是北魏天龍山佛教石窟的大規模修建和唐宋時期龍山道教石窟的修建之後，晉祠內的寺廟和道觀得到廣泛修建，宗教祭祀興起，與傳統的吉祥活動相得益彰，寺廟祭祀經久不衰。
在晉祠的祭祀文化中，特別值得壹提的是宋天聖至景祐時期以唐叔虞廟聞名的晉祠，在晉祠原址上修建了聖母院，並將漱玉殿置於殿的北側，從根本上改變了祭祀晉國祖先的主題。
據北魏酈道元《水經註》記載，唐叔虞廟原址在現在的聖母殿。趙在北宋新建的晉祠碑刻中也確認了漱玉寺的位置。另外，從聖母院兩側現存的千年柏舟來分析，唐叔虞的祠堂似乎也應該建於周代。因為按照中國的傳統觀念，意味著長生不老的松柏只在祠堂、佛寺、道觀院落種植。然而，在周代沒有佛教或道教建築，所以柏舟的存在及其在正殿兩側的種植表明，這很可能是唐叔虞祠堂的所在地。
宋太平興國四年，唐太宗趙光義下令“滅晉陽城，遷平金郡，以榆次為並州”。太平、興國七年，遷至唐明監獄(今太原市錢繆街)，由政治軍事中心降為緊州，專司軍務，統領河東道。目的是鏟除這塊“龍興之地”和“政府所在地”，從源頭上防止動亂重演，形成割據局面。這完全符合北宋建立後加強中央集權的壹系列措施。也許正是因為這種政治需要，晉代始祖唐叔虞的祭祀儀式在晉祠逐漸淡化。當時晉祠離並州城四十多裏，地處偏僻，祭祀沒有以前方便。然而，居住在晉祠建宅的人們卻感受到了金水的恩惠，崇拜著千百年來金泉不盡之水的精神。所以基於陰陽五行中的水和女人都屬於陰，也能延續生命的認識，他們把水神想象成少女、水母、處女。宋天聖年間(公元1023-1032)，並州大旱，許多人祈雨，於是姑娘和唐叔虞被供奉在廟裏。同時，唐叔虞改稱汾東王，並在原封地翼城重建了供奉唐叔虞的祠堂。晉祠中的少女祠“供奉晉水之神，晉祠初封之君，後人可能封聖母，封為蔣叔叔。”此後，民間祭祀水神、祈雨、為孩子祈福的活動日益盛行。唐叔虞廟被重建和重建了幾次，最後它被變成了聖母院。時至今日，雖然沒有史料證明聖母院是受聖旨而建，但廟在晉祠中被趙宋忽視卻是事實。到了宋二年(公元1087)，廟裏的主神不僅完全變成了聖母，而且還畫了幾十個少女像。並輔以大殿前的魚池飛梁、黃金平臺、紅橋的修建，延伸和強化了建築群的主軸，突出了聖母院大殿的宏偉，將聖母姜的崇拜提升到了至高無上的地位。自此，晉祠的祭祀主題從祠堂變成了水神。聖母瑪利亞也因多次祈雨造福民生的傳說而被祝福多年。甚至後人只知道聖母，不知道玉叔，所以失去了三晉之根。所以，晉祠的歷史似乎從西周初期的三千多年縮短到了宋元時期的壹千多年。但如果從另壹個角度去觀察和思考，將這種民間祭祀融入景區景觀環境，與旅遊觀賞相結合，無疑會使晉祠的祭祀文化更加親民，更加豐富多彩。
祠堂建築作為祭祀文化的載體，在漫長的歷史中得以代代相傳，其規格和規模僅次於皇宮和大型佛寺。正是由於統治階級對宗法制度和禮治思想的政治需要，才高度推崇這種禮制建築的成果。晉祠就是在這樣的背景下誕生的，它的存在自然有著不同尋常的意義。