故事講述了《末日廢土》中的主角查理在TRZ-47星球上尋找造物主古墓鑰匙的途中，參與了深淵、梵蒂岡、新聯邦和索恩帝國的冒險旅程。
未來，人類對宇宙的探索進入了繁榮期。為了開發新能源黑晶，機械大師陳墨隨探險隊前往黑晶的發源地野原星。沒想到，路上出了車禍。在他100多年的沈寂中，野星已經變成了壹片焦土，他的同伴也變成了恐怖的異化生物。
背景設置:
宇宙之初，誕生了兩種能量。壹個是創造，壹個是深淵。兩種能量孕育了不同的生命種族。他們從能源中繼承了自然，成為不共戴天的敵人。即使過了壹萬年，雙方的矛盾不僅沒有平息，還蔓延到了其他生命種族。
壹顆承載著創造能量的黑水晶意外降臨地球，為人類敲響了新時代的大門。然而人類的腳步並沒有走遠，就遇到了強大的敵人——索恩帝國。作為銀河系最強大的文明，索恩以神秘的力量主宰宇宙，用黑色水晶創造了超越地球的科技。
為了爭奪黑晶資源，雙方爆發了壹場持久戰。人類壹直在節節敗退，但他們沒有放棄。他們聯合了被索恩打敗的其他種族，組成了壹個全新的宇宙力量“新聯邦”，逐漸走到了與索恩抗衡的地步。然而，誰也沒有發現，更可怕的力量——深淵正在悄然入侵。
深淵前來毀滅創世，新聯邦和索恩都成為深淵獵殺的目標。正義與使命，忠誠與自由，所有做出選擇的人都將踏上關系宇宙命運的偉大征程。