唐憲宗元和二年（公元807），施肩吾以《太羹不和賦》與《早春茂雪詩》科考中式，名列十三位進士遣任江西按察使。由於生性淡泊，難耐官場交接，乃只身隱居於洪州（今南昌）西山之遊惟觀，潛心修道。其貽徐凝書曰：“仆雖忝成名，自知命薄，遂養性林壑，棲心元門。賴仙聖扶持，雖年迫遲暮，幸免龍鐘。”學道之余，惟以詩酒自娛，其自序詩集《西山集》曰：“二十年煙蘿松月之下，飲而不食，腸胃無滓，形神益清，見天地六合之奧”。於此可見其學道後的自得與閑適。
施肩吾壹生，歷經德、順、憲、穆、敬、文、武、宣、懿等九朝，正當唐王朝走向衰微之際，軍閥混戰，內宦朋黨，官場鬥爭激烈，苛捐雜稅繁重，階級矛盾深化，人民生活不得安寧，種種因素促使平民出身的他，潛心退隱學道。洪州西山原有“十二真人羽化成仙”之說，心甚慕之，故三十歲退隱學道之初，作《西山靜中吟》曰：“重重道氣結成神，玉闕金堂逐日新。若教西山得道者，連余便是十三人。”因而，他的隱居之地始終不離西山之遊惟觀，後期才回到家鄉招賢裏（今賢德地方）之石壁寺。
唐文宗太和初（約公元827年左右）萌發尋訪海外仙山之願，便率領族人買舟泛海，歷經幾多滄桑，方上登上壹無名小島，即今之澎湖列島。此時，島上僅有少數土人，生產呈原始狀態。而當時唐王朝的經濟文化已處於世界領先地位，施族的入居，給澎湖的生產發展帶來了勃勃生機。而大陸的文明道德也在島上不斷傳播，乃至生根發芽。“澎湖”的名氣逐漸顯著，對外的交流日益頻繁，終於引起朝廷的重視。從南宋起，就在島上設置了“巡檢司”，駐有軍隊、官員負責防衛和民政，而大陸人民也絡繹不絕地向島上移居，成為我國行政區域的壹部分。
施肩吾的晚年遷居澎湖，成為他人生旅程中壹大亮點，在開發澎湖上有著不可磨滅的功績。唐懿宗鹹通二年，施肩吾謝世於澎湖，享年八十二歲。其後，他的族人將他及其劉氏夫人的壽棺壹同移葬於大陸故裏羅墓山（今名花山）。
施肩吾壹生著作甚豐，可分詩歌和道家研究兩大部分。詩作奇麗雋永，有《西山集》十卷傳世；道教著作較多但傳世不多，書目有《西山群仙會真記》、《太白經》、《黃帝陰符經解》、《鐘呂傳道集》等。