在1692，發生了壹件非常不幸的事情。壹天晚上，牛頓外出，沒有熄滅蠟燭。可能是貓的錯——打翻了燭臺，把自己積攢的論文和作品化為灰燼。
1703年，胡克去世的那壹年，60歲的牛頓被提升為皇家學會主席。1704年，牛頓的《光學》壹書出版。同年出版了《三次曲線的計數》、《用非空數列求曲線的面積和長度》、《流動數學(微積分)》等數學著作。
1705年，英國女王授予牛頓爵士稱號。1711年，牛頓發表了《利用級數、流數等的分析》。。1727年3月，84歲的牛頓在參加皇家學會例會後突然病倒，並於當月31(大歷)去世。牛頓從未結婚。作為壹個為國家做出貢獻的偉人，他被安葬在威斯敏斯特教堂，成為歷史上第壹位接受國葬的自然科學家。他的墓碑上刻著這樣的話:讓人們歡呼世界上曾經存在過如此偉大的人類榮耀。
牛頓發表的關於數學和物理的著作僅占其全部著作的16%，而其84%的著作是未發表的神學著作，總字數超過1.4萬字。可見他學習聖經的時間遠遠超過了學習科學的時間。他深信聖經中的奧秘是可以解開的，於是他勤奮地學習希伯來語，勤奮地探索聖經法典，度過了余生，直到去世的那壹天。
在1687年發表的論文《自然法則》中，牛頓描述了萬有引力和三大運動定律。這些描述奠定了後來三個世紀物理世界的科學觀，成為現代工程的基礎。他通過論證開普勒的行星運動定律和他的引力理論的壹致性，表明了地面物體和天體的運動都遵循同樣的自然規律；為太陽中心論提供了強有力的理論支持，推動了科學革命。
在力學方面，牛頓闡述了動量和角動量守恒原理，提出了牛頓運動定律。
在光學方面，牛頓發明了反射望遠鏡，基於棱鏡將白光發散成可見光譜的觀察，發展了顏色理論。他還系統地表述了冷卻定律，研究了聲速。
在數學方面，牛頓和戈特弗裏德·威廉·萊布尼茨分享了發展微積分的榮譽。他還證明了廣義二項式定理，提出了逼近函數零點的牛頓法，對冪級數的研究做出了貢獻。
在經濟學上，牛頓提出了金本位制。
此外，他還在熱力學、流體力學、化學和聲學方面取得了傑出的成就。