孔融少有異才，勤奮好學，與平原人陶丘洪、陳留人邊讓齊名。漢獻帝時期，他歷任北軍中侯、虎賁中郎將、北海國相等職，時稱孔北海。孔融在北海六年，修城邑，立學校，舉賢才，表儒術，頗有治績，後兼領青州刺史。
建安元年（196年），袁譚攻北海，孔融與其激戰數月，最終敗逃山東。不久，被朝廷征為將作大匠，遷少府，又任太中大夫。他生性喜結賓客，抨議時政，言辭激烈，終在建安十三年（208年）因觸怒丞相曹操而被殺。
孔融讓梨的故事最早應見《世說新語箋疏》註引《續漢書》。說的是孔融四歲時候，與兄弟壹起吃梨，但他壹直拿最小的梨吃，父親奇怪地詢問他，他回答說：“我是小孩子，按理應該拿小的。”孔融的宗族因而對他感到驚奇。