慧遠在廬山生活了三十多年，從來沒有出過山，也沒有進過山谷。他每次出去散步，都只以廬山和湖西為界。他勤於教授和傳播佛教，這是他從事佛教活動最重要的時期。到了廬山，他看到南方的佛經很不全，禪法不明，法集不全。他派弟子法凈、法靈等人遠赴青嶺取經。這些弟子跋山涉水，歷盡艱辛，從西域帶回了200多部鄧芳教的新經典，並且能夠翻譯。慧遠壹直在盡壹切可能與廬山的名僧交流消息。太原十六年(391)，晉孝武帝僧伽提婆，今印度西北的佛教小乘大師，南下廬山，慧遠請他翻譯《阿毘達磨心》和《三法》。《阿毘達磨》，簡稱《毗曇》，是小乘佛教的壹部綜合性著作，其教義主要集中在以我為無，以法為有(達摩，指佛教教義、規範等。，這裏指包括物質和精神在內的壹切事物和現象)。中國的畢達哥拉斯學始於東晉。石大力贊助了有關論文的翻譯工作。慧遠繼承了他的老師生涯，他有壹系列的皮談。當時與他同住廬山的著名佛教學者朱道生，也擅長菩薩的毗濕奴學。畢達哥拉斯學的流行與慧遠對經典翻譯的組織和大力倡導是分不開的。
著名的佛教翻譯家鳩摩羅什(其父為天竺人，生於龜茲，今新疆庫車)於秦末弘帝三年(401)遷居長安後，慧遠給他發函，交換佛經翻譯，並派弟子聽講、提問。後來他聽說羅氏要回國，馬上寫了壹本書，簡略地問了佛經裏的幾十件事，請解釋批準。羅氏壹壹解答，現存18章，所謂大乘義章。慧遠也非常重視佛教戒律。佛羅多曾經翻譯過《關中十聖歌》，但他未完成就去世了。後來，慧遠得知譚默六指把這部佛經帶到了中國，就派他的弟子譚勇去求書，翻譯了整部《十誦法》。《高僧傳·釋慧遠》評論說:“壹個精彩的故事在洋蔥之外，關中必勝，故來此聚者(指江南)遠矣。”