洪武二十五年（1392年）太子朱標病死，朱元璋立太子的次子朱允炆（長子早亡）為皇太孫。洪武三十壹年，朱元璋去世，朱允炆即帝位，是為建文帝。朱允炆在做皇太孫時，就對諸藩王不滿，曾與他的伴讀黃子澄商量削藩對策。即帝位後，采納了大臣齊泰、黃子澄的建議，決定先削幾個力量較弱的親王的爵位，然後再向力量最大的燕王朱棣開刀，並令諸親王不得節制文武將吏。皇族內部矛盾由此迅速激化。建文帝命令將臣監視朱棣，並乘機逮捕之。朱棣得到這壹消息，立即誘殺了前來執行監視逮捕任務的將臣，於建文元年（1399年）七月起兵反抗朝廷。
朱元璋當國時，恐權臣篡權，規定藩王有移文中央索取奸臣和舉兵清君側的權利，他在《皇明祖訓》中說：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。”朱棣以此為理由，指齊泰、黃子澄為奸臣，須加誅討，並稱自己的舉動為“靖難”，即靖禍難之意。因此，歷史上稱這場朱明皇室內部的爭奪戰爭為“靖難之役”。
朱棣初起兵時，燕軍只據北平壹隅之地，勢小力弱，朝廷則在各方面都占壓倒性優勢。所以戰爭初期，朝廷擬以優勢兵力，分進合擊，將燕軍圍殲於北平。朱棣采取內線作戰，迅速即攻取了北平以北的居庸關、懷來、密雲和以東的薊州、遵化、永 平（今河北盧龍）等州縣，掃平了北平的外圍，排除了後顧之憂，便於從容對付朝廷的問罪之師。經過朱元璋大肆殺戮功臣宿將之後，朝廷也無將可用，朱允炆只好起用年近古稀的 幸存老將長興侯耿炳文為大將軍，率軍13萬伐燕。建文元年八月（真定之戰），師至河北滹沱河地區。燕王在中秋夜乘南軍不備，突破雄縣，盡克南軍的先頭部隊。繼而又於滹沱河北岸大敗南軍的主力部隊。建文帝聽到耿炳文軍敗，根據黃子澄的推薦，任曹國公李文忠之子李景隆為大將軍，代替耿炳文對燕軍作戰。
李景隆本是絝絝子弟，素不知兵，“寡謀而驕，色厲而餒”。九月，李景隆至德州，收集耿炳文的潰散兵將，並調各路軍馬，***計50萬，進抵河澗駐紮。當朱棣偵知李景隆軍中的部署後，笑著說，兵法有五敗，李氏全犯了，其兵必敗無疑，這就是政令不修，上下離心；兵將不適北平霜雪氣候，糧草不足；不計險易，深入趨利；求勝心切，剛愎自用，但智信不足，仁勇俱無；所部盡是烏合之眾，且不團結。為了引誘南軍深入，朱棣決計姚廣孝協助世子朱高熾留守北平，自己親率大軍去援救被遼東軍進攻的永平，並告誡朱高熾說：“李景隆來，只宜堅守，不能出戰。”朱棣還撤去了盧溝橋的守兵。
朱棣這壹招果然靈驗，李景隆聽說朱棣率軍赴援永平，就率師於十月直趨北平城下。經過蘆溝橋時見無守兵，禁不住歡喜，說：“不守此橋，我看朱棣是無能為力了。”這時朱高熾在北平城內嚴密部署，拼死守衛。李景隆則號令不嚴，指揮失當，幾次攻城，皆被擊退。南軍都督瞿能曾率千余精騎，殺人張掖門，但後援不至，只好停止進攻。又因李景隆貪功，要瞿能等待大部隊壹起進攻，錯過了時機。燕軍則因此得到喘息，連夜往城 墻上潑水，天冷結冰，待到次日，南軍也無法攀城進攻了。朱棣解救永平之後，率師直趨大寧（今內蒙古寧城西）。
大寧為寧王朱權的封藩，所屬朵顏諸衛，多為蒙古騎兵，驍勇善戰。朱棣攻破大寧 後，挾持寧王回北平，合並了寧王的部屬及朵顏三衛的軍隊。朱棣帶著這些精兵強將於十壹月回師至北平郊外，進逼李景隆軍營。燕軍內外夾攻，南軍不敵，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。次日，士兵聽說主帥已逃，“乃棄兵糧，晨夜南奔”。
建文帝為大臣所蒙蔽，反而獎勵打了敗仗的李景隆。建文二年（1400年）四月，李景隆會同郭英、吳傑等集合兵將60萬眾，號稱百萬，進抵白溝河（今河北雄縣北）。朱棣命令張玉、朱能、陳亨、丘福等率軍十余萬迎戰於白溝河。戰鬥打得十分激烈，燕軍壹度受挫。但南軍政令不壹，不能乘機擴大戰果。燕軍利用有利時機，力挫南軍主將，南軍兵敗如山倒。李景隆再次退走德州。燕軍跟蹤追至德州。五月，李景隆又從德州逃到濟南。朱棣率燕軍尾追不舍，於濟南打敗李景隆率領的立足未穩的十余萬眾。濟南在都督盛庸和山東布政使鐵鉉的死守下得以保住。朱棣圍攻濟南三月未下，恐糧道被斷，遂回撤北平，盛庸收復德州。
李景隆在幾個月的時間內壹敗再敗，建文帝撤免了他的大將軍職務，建文帝采黃子澄之謀，遣使議和以求緩攻，又任命盛庸為平燕將軍，代李景隆統兵代之以盛庸。盛庸屯兵德州，以遏燕軍南下。建文二年九月，盛庸率兵北伐，十月，至滄州，為燕軍所敗。十二月，燕軍進至山東臨清、館陶、大名、汶上、濟寧壹帶。盛庸率南軍於東昌（今山東聊城），嚴陣以待。
燕軍屢勝輕敵，被南軍大敗，朱棣親信將領張玉死於戰陣，朱棣自己也被包圍，借朱能援軍的接應才得以突圍。東昌戰役是雙方交戰以來，南軍取得的第壹次大勝利。兵敗後，朱棣總結說：東昌之役，接戰即退，前功盡棄，今後不能輕敵，不能退卻，要奮不顧身，不懼生死，打敗敵手。
建文三年（1401年）二月，朱棣率軍出擊，先後於滹沱河、夾河、真定等地打敗南 軍。接著，又攻下了順德、廣平、大名等地。戰爭已經進行了兩年的時間，南北交戰主要在河北、山東。燕軍雖屢戰屢勝，但南軍兵多勢盛，攻不勝攻，燕軍所克城邑旋得旋失，不能鞏固。能始終據守者，不過北平、保定、永平三府而已。正在朱棣為此而苦惱之際，南京宮廷裏不滿建文帝的太監送來了南京城空虛宜直取的情報。朱棣手下謀士也勸朱棣勿攻城邑，越過山東，以迅速行動直趨金陵，金陵勢弱無備，必可成功。於是朱棣決定躍過山東，直搗金陵。朱棣據此決定舉兵南下，直指京城。
建文四年（1402年）正月，燕軍進入山東，繞過守衛嚴密的濟南，破東阿、汶上、鄒縣，直至沛縣、徐州，向南直進。而燕軍已過徐州，山東之軍才南下追截。四月，燕軍進抵宿州，與跟蹤襲擊的南軍大戰於齊眉山（今安徽靈璧縣境），燕軍大敗。雙方相持於淝河。在這次決戰的關鍵時刻，建文帝受壹些臣僚建議的影響，把徐輝祖所率領的軍隊調回南京，削弱了前線的軍事力量，南軍糧運又為燕軍所阻截，燕軍抓住時機，大敗南軍於靈璧，僅俘獲南軍將領即幾百人。自此，燕軍士氣大振，南軍益弱。朱棣率軍突破淮河防線，渡過淮水，攻下揚州、高郵、通州（今江蘇南通）、泰州等要地，準備強渡長江。這時，朱棣之子朱高煦引番騎趕到，燕軍軍勢大振。
建文帝曾想以割地分南北朝為條件同燕王議和，被拒絕。六月初三，燕軍自瓜洲渡江，鎮江守將降城，朱棣率軍直趨金陵。十三日進抵金陵金川門，守衛金川門的李景隆和谷王為朱棣開門迎降。燕王進入京城，文武百官紛紛跪迎道旁，在群臣的擁戴下即皇帝位，是為明成祖，年號永樂。歷時四年的“靖難之役”以燕王朱棣的勝利而告終。
“靖難之役”歷時三年，前期作戰南軍連連敗藉。但自濟南保衛戰後，南軍主力屯駐德州，相機出擊，以遏燕軍。德州處在運河線上，南北交通便利，燕軍自河北南下，始終處在德州的監控之下。燕軍南攻時，南軍或自德州橫出斷其歸路，或襲擾其補給線，或乘虛北攻。所以，雖以朱棣之善用兵，南軍再未出現過戰爭初期的那種大的挫敗，燕軍勢力基本上被阻在山東以北。朱棣未克山東，故雖屢戰屢勝，激戰兩年半，卻始終未能打開局面。等到他越過山東，直趨金陵，半年時間便奪取了政權。
以上都是很詳實的史實！