為人物議的還有他娶了“秦淮八艷”之壹的柳如是為妾。陳寅恪《柳如是別傳》言之甚詳。雖然“水太涼”故事已經給他貼上了標簽，後來在柳如是的鼓勵和支持下，還是做了不少有益於反清復明的事，為此兩度入獄，乃至傾家蕩產，晚景淒涼。
清代明已成鐵的事實，“崖山之後無中華”之感慨，肸蚃於知識分子之間。山河破碎，神州陸沈，後被壹些極端民族主義者曲解為華夏文明自宋亡後斷絕。盡管錢謙益自私懦弱，折節屈服，然其對故國的懷念和悔恨也是真的。這從他的詩句中可以窺其端倪，“溝填羯肉那堪臠”，“殺盡羯奴才斂手”等句，對於清廷辱罵之甚，對明朝的痛惜之深，比張煌言等死節英雄的詩句還要慷慨激昂，仿佛在為自己的失節做掩飾。錢謙益是個思想和性格都比較復雜的人。他的身上不乏晚明文人縱誕的習氣，但又時時表現出維護傳統道德的嚴肅面貌；他本以“清流”自居，卻而為熱衷於功名而屢次陷入政治漩渦，留下諂事閹黨、降清失節的汙名；他其實對忠君觀念並不執著（《陸宣公墓道行》詩有雲：“人生忠佞看到頭，至竟延齡在何許？”），卻又在降清後從事反清活動，力圖在傳統道德觀上重建自己的人生價值。錢基博評價說：“錢氏以明代文章鉅公，而冠遜清貳臣傳之首，人品自是可議！”（在《明代文學》） 紀昀曾評錢“首鼠兩端，居心反復。”
章太炎雲：“鄭成功嘗從受學，既而舉舟師入南京，皖南諸府皆反正。謙益則和杜甫《秋興》詩為凱歌，且言新天子中興，己當席蒿待罪。當是時，謂留都光復在俾倪間，方偃臥待歸命，而成功敗。後二年，吳三桂弒末帝於雲南，謙益復和《秋興》詩以告哀。凡前後所和百章，編次為《投筆集》，其悲中夏之沈淪、與犬羊之俶擾，未嘗不有余哀也。”（《訄書·別錄甲》）
錢謙益壹生詩作非常豐富，章太炎提及的“席蒿待罪”，遂作“和杜甫《秋興》”，又逢鄭成功敗、吳三桂弒帝，錢謙益復作“後秋興”詩以告哀。錢牧齋《秋興》步杜少陵《秋興》韻凡十三疊，蓋古代文學史上絕無僅有,且規模之龐大,韻律之嚴密,亦嘆為觀止焉。再加上四首自題詩,凡壹百單八首。錢氏壹百多首“秋興”詩作，大體可以詮釋錢謙益折節後的心路歷程。
限於篇幅，茲拈出《後秋興之十三》以管窺之。?
? 詩前有小序雲：“自壬寅七月至癸卯五月訛言繁興鼠憂泣血感慟而作猶冀其言之或誣也。”
地坼天崩桂樹林，金枝玉葉痛蕭森。
衣冠雨絕支祈鎖，閶闔風淒紂絕陰。
醜虜貫盈知有日，鬼神助虐果何心。
賊臣萬古無倫匹，縷切揮刀候斧碪。
海角崖山壹線斜，從今也不屬中華。
更無魚腹捐軀地，況有龍涎泛海槎。
望斷關河非漢幟，摧殘日月是胡笳。
嫦娥老大無棲處，獨倚銀輪哭桂花。
庸蜀經營付落暉，宮車消息轉依微。
空留赤血從三後，無復遺言詔六飛。
馬角烏頭期已誤，龍姿虎步讖俱違。
逆臣送喜猖狂甚，趣與燃脂照腹肥。
自古英雄恥敗棋，靴刀引決更何悲。
君臣鰲背仍同國，生死龍胡肯後時。
事去終嗟浮海誤，身亡猶嘆渡河遲。
關張無命今猶昔，籌筆空煩異代思。
夢回猶傍五溪山，歷井捫參吐霧間。
卻指帝星臨楚分，如聞王氣滿吳關。
地翻黑水才伸足，天轉青城始破顏。
辛苦蒼梧舊留守，忠魂常領百僚班。
麻衣如雪白盈頭，六月霜飛哭九秋。
兩耳也隨風雨劫，半人偏抱古今愁。
地閑沮洳教魚鳥，天闊煙波養鷺鷗。
誰上高臺張口笑，為他指點舊皇州。
逾沙軼漠百王功，二祖威棱浩劫中。
高廟石龜晴吐雨，長陵鐵馬夜呼風。
南臨日駕千重紫，北伐霓旌萬隊紅。
葛藟綿綿周祚遠，明神豈誑白頭翁。
蛟宮螭窟勢逶迤，蹙浪排波似越陂。
荷鼓虛危新氣象，白茅青社舊孫枝。
磨刀雨過看兵洗，舶棹風來想檄移。
昨夜江天聊舉首，寒芒二八已昭垂。
? 非大件事無以“地坼天崩”狀之，蓋南明桂王遇害之謂也。“桂樹林”之“桂”，即指桂王。桂王即南明永歷帝，名朱由榔(1623-1662)。明神宗孫，思宗堂弟。初封永明王，隆武時襲封桂王，隆武二年(1646年)，隆武帝死後受瞿式耜、丁魁楚等擁戴，於肇慶監國。旋即帝位，建元永歷。據有兩廣、雲貴、江西、湖廣、四川等地。大順、大西軍余部亦受其招撫，並聯絡鄭成功活動於海上。但因朝臣派系復雜，植黨相爭，致朝政紊亂，危機紛呈，不斷退敗。永歷十年(順治十三年，1656年)為李定國迎至昆明。十二年(1658年)清軍入滇，出逃緬甸。後被緬人交出，為吳三桂所殺。“賊臣萬古無倫匹”是指弒君的吳三桂。
“海角崖山壹線斜，從今也不屬中華。”沈痛之至。崖山海戰後陸秀夫背負著幼帝投海自盡，後宮及群臣大多隨之殉國，七日之後，浮出海面的屍體有十余萬，華夏文明自此而絕。全詩以崖山海戰比喻南明敗亡，以宋元鼎革指代明清易代，調子極為沈痛。南明遺民有用宋元鼎革指代明清易代的習慣，崖山也頻頻出現在他們的詩作中，如呂留良的詩《題如此江山圖》：“其為宋之南渡耶？如此江山真可恥。其為崖山以後耶？如此江山不忍視。吾今始悟作畫意，痛哭流涕有若是。以今視昔昔猶今，吞聲不用枚銜嘴。……”都是以宋喻明，表達故國之思，以及對神州陸沈的感慨痛惜，明著是說宋，實際是在哀嘆明的覆亡。若把用這些詩句按照字面意思理解成，將宋亡之後幾百年的中華文明壹筆抹殺，無疑是對作者心思的徹底曲解。
《後秋興之十三》***八首，以激昂的格調感慨興亡，表達了身陷新朝而不能自拔，兼而痛悼故國的復雜情感。錢詩善於使事用典，富於詞彩藻麗；既有唐詩的情趣，也有宋詩的理智，從而呈現出壹種典麗宏深的格調，從這八首詩可管窺之。杜甫有《秋興》八首，錢牧齋步韻竟十三疊，韻律嚴密，可謂古今罕有。是故錢仲聯評曰：“有清壹代詩人，工七律者無過牧齋……然則牧齋誌節，歷久不渝，委曲求全，固不計壹時之毀譽也。”可謂的論。