禦史李定、何正臣、舒亶等人，舉出蘇軾的《杭州紀事詩》做為證據，說他“玩弄朝廷，譏嘲國家大事”，更從他的其它詩文中挖出壹句二句，斷章取義的給予定罪，如：“讀書萬卷不讀律，致君堯舜知無術”，本來蘇軾是說自己沒有把法律壹類的書讀通，所以無法幫助皇帝成為像堯、舜那樣的聖人，他們卻指他是諷刺皇帝沒能以法律教導、監督官吏；又如“東海若知明主意，應教斥鹵變桑田”，說他是指責興修水利的這個措施不對。其實蘇軾自己在杭州也興修水利工程，怎會認為那是錯的呢？又如“豈是聞韶忘解味，邇來三月食無鹽”說他是諷刺禁止人民賣鹽。總結壹句話，是認定他膽敢譏諷皇上和宰相，罪大惡極，應該處死刑。
蘇軾在禦史臺內遭到嚴刑拷問，他自認難逃死罪。最後終能幸免壹死。是年十二月二十八日，蒙神宗的恩賜被判流放黃州（湖北省黃岡縣），蘇軾被拘禁近百日，後獲釋離開禦史臺之獄。後人把這樁案件的告訴狀和供述書編纂為壹部《烏臺詩案》。“烏臺”即禦史臺。《漢書·朱博傳》：“是時，兀禦史府吏舍百余區井水皆竭；又其府中列柏樹，常有野烏數千棲宿其上，晨去暮來，號曰朝夕烏。”後世便以禦史府為烏府，禦史臺為烏臺。由於這案的發起者都是禦史臺的言官，他們包括禦史中丞李定，監察禦史裏行（禦史臺的見習史官）舒覃、何正臣等，因此稱為“烏臺詩案”。。
蘇軾致禍的原由，除上述的“莫須有罪名”外，據說是因為得罪了當時的宰相王安石。當時人的筆記裏曾記載其事。
說蘇軾在朝廷當禮部尚書之時，有壹日，他去王安石的書房烏齋去找王安石，王不在，蘇軾見烏齋臺桌上擺著壹首只寫得兩句尚未寫完的詩——“明月枝頭叫，黃狗臥花心。”
蘇東坡瞧了又瞧，好生質疑，覺得明月怎能在枝頭叫呢？黃狗又怎幺會在花心上臥呢？以為不妥。於是提筆壹改，將詩句改為“明月當空照，黃狗臥花蔭”。
王安石回來後，對蘇軾改他的詩極為不滿，就將他貶到合浦。蘇東坡到合浦後，壹天，他出室外散步，見壹群小孩子圍在壹堆花叢前猛喊：“黃狗羅羅，黑狗羅羅，快出來呀？羅羅，羅羅羅羅。”蘇東坡出於好奇心，走過去問小孩喊什幺，小孩說，我們叫蟲子快點出來，好捉它。蘇東坡湊近花前壹看，見有幾條黃色、黑色象芝麻大的小蟲在花蕊裏蠕動。又問小孩說這是什幺蟲？小孩說：黃狗蟲，黑狗蟲。蘇東坡離開花叢，來到壹棵榕樹下，正碰到樹上壹陣清脆的鳥叫聲，問旁人，這是什幺鳥叫？旁人答道：這叫明月鳥。此刻蘇東坡才恍然大悟，知自己錯改了王安石的詩。
這段記載的真偽已不可考。從史實上看，王安石罰蘇軾，錯改兩句詩似乎不是王安石討厭蘇軾的真正原因。其實質上的原因，當是政治上蘇軾反對王安石變法。因此之故，蘇軾方有如此刑名之獄。