方孝孺自幼聰明好學、機警敏捷，長大後拜大儒宋濂為師，為同輩人所推崇。洪武三十壹年（1398年），明太祖死，惠帝即位後，即遵照太祖遺訓，召方孝孺入京委以重任，先後讓他出任翰林侍講及翰林學士。[1] 燕王朱棣誓師“靖難”，揮軍南下京師。惠帝亦派兵北伐，當時討伐燕王的詔書檄文都出自方孝孺之手。[2] 建文四年（1402年）五月，燕王進京後，文武百宮多見風轉舵，投降燕王。方孝孺拒不投降，結果被捕下獄。
後因拒絕為發動“靖難之役”的燕王朱棣草擬即位詔書，被朱棣殺害。方孝孺強忍悲痛，始終不屈。被處死於江蘇南京聚寶門外，時年四十六歲。《明史》中為施以淩遲。南明福王時追謚“文正”