沒有區別，格格是滿族的叫法，公主是漢人的叫法，意思壹樣。
格格：
滿語，意為小姐。是滿族和清朝對女性的壹種稱謂，為清皇族女兒的統壹稱呼。作為正式稱號使用時，在後金時期，國君和貝勒的女兒稱為格格。清太宗起，逐步按照漢人習慣，重新規定了封號。作為非正式稱號時，被用於尊稱其他地位高貴的女性。另外，清朝親王的低階妾有時也被叫做格格。
公主：
是中國古代對皇女、王女、宗女的稱謂。起源，《公羊傳》曰‘天子嫁女子於諸侯，必使諸侯同姓者主之’，故謂之公主。”西周春秋爵稱，可大致分為王、公、侯、伯、子、男六級。而在王即周天子以下就是公侯伯子男五等，周天子把女兒嫁給諸侯時，不親自主持婚禮，讓同為姬姓公爵級別的諸侯主婚，這便是“公主”的由來。並且因為周王室姓姬，所以周天子的女兒也稱“王姬”，《詩經·召南·何彼襛矣》就寫到：“何彼襛矣，美王姬也。”此後“王姬”也成為帝王的女兒的代稱。諸侯之女也稱為公主，《史記·吳起列傳》記載“公叔為相，尚魏公主。”