西溪是晉江的正源，發源於安溪縣周濤鄉大新村附近的謝玉山(海拔1352m)，流經安溪縣周濤、永春縣壹都河口、安溪縣劍鬥、白瀨、湖熟、湖頭、金谷、蓬萊、魁鬥、程響、豐城。它在程響鎮原憲村被接受後才被稱為西溪，然後進入南安縣。西溪年均徑流量36.5億立方米，約占晉江總水量的65%。水位季節變化大，1935洪水流量達8500m3/s，1963枯水流量達1.68m3/s。自然落差大，河流平均比降約6.5‰；多年平均含沙量為0.73kg/m3；支流眾多，流域面積超過100平方公裏的有9條支流。
東溪發源於永春縣金鬥鄉鎮慶村附近的雪山南麓(海拔1386m)，流經永春縣金鬥、程響、澎湖、大浦、石鼓、五裏界、桃城、東平鄉。永春叫桃溪，到了東平鄉東關橋胡娜洋溪才叫東溪。出東關進入南安縣後，經山美水庫、碼頭、梅山、洪瀨、康美、美林、豐州等鎮，在豐州雙溪口匯入西溪，流入晉江幹流，全長120km，流域面積1917km2，占晉江流域總面積的34.1%。東溪年均徑流量654.38+0.40億立方米，有五條支流，流域面積654.38+000多平方公裏。
晉江幹流從雙溪口經豐州流入歷城區，經北峰、浮橋、城區、東海，在東海鎮徐鋪村匯入泉州灣，全長29公裏，流域面積611平方公裏，占晉江流域總面積的10.8%。晉江幹流年均徑流量51.3億立方米，支流1條，流域面積1平方公裏以上。晉江西溪河源至河口漵浦全長182公裏，主要支流全長320公裏，流域面積5629平方公裏。根據東溪、西溪和幹流的河谷性質和河流流量，將晉江分為上、中、下遊三段:分別從西溪、東溪源頭至安溪湖頭、永春，統稱為上遊，支流多，河流比降大，水流湍急，水力資源豐富；從湖頭、永春到雙溪口，統稱為中遊，河道坡度較緩，水量充沛；雙溪口以下為下遊，支流少，河流比降小，河床寬闊，兩岸階地發育，水流緩慢。晉江東峽河支流晉江東峽河流域的支流有桃溪、湖洋溪、西施、桃溪和洛溪，面積100多平方公裏。
桃溪:發源於永春縣金鬥鄉鎮慶村附近的雪山南麓，流經永春縣金鬥、程響、澎湖、大浦、石鼓、五裏街、桃城、東平八個鎮。東莞山美水庫入口為晉江東溪，全長61.75km，主流為鎮慶村拱橋至東莞48 km，流域面積476平方米。桃溪河平均比降6.2‰(至水文站)，河床最寬處100多米。歷史上坐船可以到達石鼓灘，1958仍然可以到達儒林中的義烈寺。後來由於水土流失嚴重，河床淤積，船已經失去了效益。桃溪較大的支流有湖東溪、延慶、大理、高龍溪。湖東溪發源於永春縣蘇坑鄉馬鞍與德化縣潯中鎮交界處，流經西麗、東興、西苑、杜葵、唐城、湖中。在雙溪口與桃溪匯合，全長13.75公裏，流經蘇坑、澎湖鎮。延慶溪發源於永春縣澎湖鎮聯興村，流經西苑、前鋒、蓬萊、建國，在大埔鄉新瓊村匯入桃溪，全長8公裏。大理溪發源於永春縣大浦鄉大山，流經大中、金星，在橋頭宮匯入桃溪，全長8公裏。高龍溪有兩個源頭:東源在五峰鄉武定，流經梅林、後龍、浦頭、佘山、xi庵，在五裏界鎮Xi庵橋下流入桃溪，全長11.5km；發源於桃城鎮龜甲山以西，流經江西、武大、武東，在五裏界鎮與高龍溪交匯，全長4.5公裏。
湖洋溪:發源於仙遊縣西苑鄉西部，流經德化縣畢夏鄉，從雙坑進入永春縣。在湖陽鎮，來自雙崗坑、玉竹溪、桃梅坑、金溪、介福溪和武陵坑的水進入東平鎮，向東南轉向納比那上阪溪，然後轉向西南，在外比那外山溪和東關橋下與桃溪匯合。湖洋溪有三條主要支流:金溪、界福溪和外山西。金溪發源於德化縣畢夏鄉西南的冷水坑，進入永春境內，經湖陽鎮阪頭，在無垠橋上匯入湖陽溪，全長9.5公裏。符節溪發源於永春縣符節鄉金龍村，流經羊尾、林東、西溪，在龍山匯入湖陽溪，全長16.5公裏。外山西，又名孟茜，發源於白山、石厝，流經外山、東平鄉，與那甫溪、曹楊坑等支流，在東平鄉外碧村與胡楊溪匯合。
西施:發源於永春縣秀山鎮白雲巖，自西北向東南流入南安縣獅山鎮。封玉鵬村發源於鵬華鄉將軍山另壹支流，經馬頭鎮流入晉江東峽河，全長44公裏，流域面積260平方公裏，河流平均比降6.1‰，河床寬30-80米。西施因流經獅山而得名。詩溪，又名碼頭溪，流經碼頭鎮，是壹條古老的內河航道。碼頭街是當時南安北部的物資集散地。
桃溪:發源於南安縣獅山鎮山門和金濤鎮與梅山鄉交界處的朝天山，自西向東流經金濤鎮和梅山鎮，在梅山村匯入東峽河，全長22公裏，流域面積119平方公裏，河流比降8.7‰。桃溪因溪中沙灘含黃鐵礦和雲母片而得名，古人誤以為是沙子，故在溪中淘金而得名。桃溪河兩岸到處都是草。
洛溪:發源於鯉城區洛溪鄉普頂山(海拔753.5m)，自東向西流入南安縣洛東鎮，至土寨村納飛雲竹澗水，向西南流經洛東鎮、梅山鎮，於梅山元尾村入晉江東廈，全長41km，流域面積249 km2，河流比降7.8‰，下遊河床寬30。晉江西溪支流晉江西溪流域面積100平方公裏，包括宜都溪、蘭溪、龍潭、坑梓口、雙溪、金谷溪、龍門、潮碧溪、迎溪、東田。
壹渡溪:發源於永春縣壹渡鄉仙遊村任天，向東南流經仙遊村，西南接仙遊坑水，至中阪那三村溪；南有六圩坑，北有黃田溪。經龍角亭至峽口坡，在安溪縣匯入尾溪，再轉向東北至三嶺，北接大板溪，再轉向東南，向東流經福鬥至橫口與大橫溪匯合，在安溪縣劍鬥鎮進入肖珩。全長44公裏，流域面積416平方公裏，河道比降11.2‰。整個盆地森林茂密。大橫溪是壹渡溪的主要支流，發源於永春縣下洋鎮大橫村大坑，經大橫峰山與盆村溪匯合，東南經塔納寺坑溪，折西向南至長汀，再流入西南壹渡溪至橫口村，全長24.4公裏，幹流長13.4公裏，流域面積148。流域內森林茂密，1960之前，木筏常年暢通。
蘭溪:是晉江西溪最大的支流，又稱官橋溪。發源於安溪縣蘆田鄉蓮花山南麓(海拔1225.2m)，流經蘆田、西平、虎丘、官橋，在程響鄉原憲渡口匯入西溪，全長52km，流域面積51km2，河流比降65438。主要支流有後格河、內社河、方婷河、朱元河、龍口河。
龍潭溪:又名長坑溪，發源於安溪縣長坑鄉山坪附近的同發山(海拔1504.8m)。流經長坑、上清、蓬萊，在金谷鄉源頭流入西溪，全長55公裏，流域面積416平方公裏，河道比達11.4‰，水流湍急，水力資源豐富。沿河建有許多水電站。主要支流有後溪、玉梅溪、青陽、新樓溪。
坑梓口溪:有兩個源頭:壹個來自永春縣桂陽鄉旗山，向西南流去，東有溫臺溪、新嶺坑，北有茅春溪；其次，發源於永春縣下洋鎮土山，向東南流動，在磨石坑到達姚希。兩源在坑仔口鄉洞口匯合，再向南經坑仔口、魚鬥鄉，納石元坑、魚鬥溪、福地溪等支流，轉向西南進入安溪縣劍鬥鎮，在巨口匯入錦江西溪，全長42公裏，流域面積290平方公裏，河流比降14.6‰。安溪縣坑梓口流經潮碧、巨口，又名潮碧溪、巨口溪。
雙溪:別稱劍鬥河。發源於安溪縣感德鄉潘田村，海拔1301.4m，石門坎南麓流經感德、劍鬥，在劍鬥附近匯入晉江西溪。程娜沿岸主要支流祁陽溪(發源於長坑鄉西北，流經長坑、感德、尖鬥等鄉鎮)，全長20公裏，流域面積1.27平方公裏，河流比降29.6‰。
金谷溪:別稱佛口溪。有兩個源頭:安溪縣金谷鄉東溪附近的大鹿山南麓(海拔1074.4m)和永春縣大埔鄉天馬山南麓(海拔838.7m)，自西北向東，經金谷鄉東溪、梅韻至金谷流入晉江西溪，全長19km，流域面積19。
龍門溪:又名半頭溪，是蘭溪最大的支流。發源於廈門同安縣西北部的水陽山(海拔756m)，先自西南向東流4.5km，後向北，進入安溪縣龍門鄉，流經龍門、官橋等鎮。沿途有三條主要支流，那桂溪、仙堤溪、遼西溪，在官橋與蘭溪匯合，全長27km，流域面積203km2，河流比降13.5‰。
潮碧溪:又名巨口溪、坑梓口溪，是安溪第三大支流。發源於永春縣海拔1.207米的天湖山南麓，自北向東南流，經永春至海洋，入中國潮藍，於巨口匯入西溪河幹流，全長42公裏，流域面積290平方公裏。
英溪:發源於南安縣祥雲鄉與安溪縣龍門鄉交界處的雲頂山(海拔1175m)。自西南向東北流經祥雲、杜英、侖蒼，在侖蒼鎮樓尾寨匯入錦江西溪，全長19公裏，流域面積147平方公裏。上遊建有阪頭水庫(庫容1064萬立方米)。
東田溪:也被稱為藍溪。秦山(海拔1095.4米)和鐵峰山(海拔878.6米)，發源於南安縣東田鄉和同安縣新圍鄉交界處，自西南向東北流經東田和梅西，在晉江匯入西溪河，全長30公裏，流域面積173平方公裏，河床寬20-80米，河流比降65438+。東田溪上遊是南安縣的暴雨區，年降雨量超過2000毫米，水量豐富。晉江支流晉江支流很少，僅有99條支流，流域面積100平方公裏。九十九溪又名蓬溪，有兩個源頭。北源發源於南安縣東田鄉後洋，流經東田、梅西、豐州、官橋等鄉鎮。過了官橋，森林進入晉江縣磁竈鎮。南苑發源於南安縣官橋鎮黃山，流經官橋，在官橋進入晉江縣內坑鄉。南北支流向東流在磁竈鎮下關路匯合，稱為梅溪，再經池店、陳埭等鄉鎮，在晉江下遊入海，全長47公裏，流域面積354平方公裏，河坡65438±0.6‰。沿途接納七溪、前埔溪、棠浦溪、道橋溪、下棗、紫湖溪等支流。