在宋元時期的黃帝祭禮中，黃帝陵廟致祭受到了高度重視，軒轅黃帝陵廟被列為重點加以整修維護。宋太祖開寶五年（972），遵太祖趙匡胤旨意，規定橋山黃帝陵三年大祭壹次。元代對黃帝陵廟的祭祀也很重視，《元典章》中規定：黃帝是開天辟地的先祖，國家應當祭祀。明代對黃帝陵和黃帝的祭祀也非常重視。朱元璋即位之初，就認為軒轅黃帝不僅是醫家的祖師，也是中華民族的遠古祖先。明太祖洪武四年（1371），朝廷禮部議定祭祀黃帝的地方定在陜西中部縣（今黃陵縣），並規定三年大祭壹次，皇帝親撰祭文，派遣大臣赴橋山祭祀。橋山黃帝陵列為國家祭祀始祖的聖地，要求每次祭陵的祭文、祭祀日期、祭品名稱、數量和主祭、陪祭官員姓名都要刻石立碑。又特遣中書省管勾赴黃帝陵致祭，這次祭祀留下至今所見的最早的壹篇祭祀黃帝的祭文。洪武七年（1374），明太祖降旨在軒轅廟大殿內塑造軒轅黃帝坐像壹座，以便瞻仰祭祀。今黃帝陵保存有明太祖、成祖、宣宗、代宗、英宗、世宗、穆宗、神宗、熹宗等皇帝遣使到黃帝陵致祭的碑文。清代沿襲明代定制，在橋山黃帝陵舉行國祭，壹般三年祭祀壹次，此外還有臨時祭告。清朝黃帝陵廟的祭祀儀式隆重，規模宏大，次數較多，見於記載的有30次。光緒年間，臺灣愛國誌士丘逢甲在甲午戰爭後祭祀黃帝陵，留下詩句“袖中壹卷英雄傳，落日來登黃帝陵”。1908年重陽節，陜西同盟會祭掃黃帝陵，在祖先陵前宣讀祭文，以表復興中華民族之決心。