據史書記載，公元前333年，楚國滅了越國，設置金陵邑，並在江邊的石頭山上築城。這個金陵邑，是南京有史以來的第壹個行政建置。南京的別稱金陵就由此而來。公元前223年，秦滅楚國，金陵邑改為秣陵縣。到了三國時期，孫權定都秣陵，並改稱建業。
定都建業的第二年，孫權在原有城基上修建了著名的石頭城。當時長江就從石頭城下流過，因而石頭城的軍事地位十分突出，孫吳也壹直將此處作為最主要的軍事基地。此後數百年間，這裏成為軍事重鎮，南北戰爭，往往以奪取石頭城決定勝負。
清涼山名字的由來
清涼山主要由下古生界灰巖構成，在大地構造上地處井陘凹陷的西緣，在內外應力長期***同作用下形成了溫帶喀斯特景觀，經億萬年風雨侵蝕，使清涼山既有北方山峰雄偉壯觀之勢，亦有南方山川秀麗險峻之韻。因山勢峻峭，古木蒼翠，景色秀麗，山腰間多有天然溶洞，清泉常流，若炎炎夏日置身於此，頓覺清風習習，心曠神怡，實為避暑勝地，故名：“清涼山”。
關於清涼禪寺的故事。
據資料記載，唐代中和四年(公元884年)，石頭山上就已經有了寺廟；到了南唐時期，先主李昪在此擴建清涼大道場，並請來文益禪師住持。關於文益禪師，宋朝《林間集》和明朝瞿汝稷《指月錄》中有這樣壹段記載:文益住持清涼寺時，寺內有個叫泰欽的和尚，其人性情豁達，豪放不羈，且不甘於寺中清規戒律。因此，寺中眾僧都瞧不起泰欽，就把壹些掃地種菜的粗活派給他幹。壹次，文益法師坐禪講經，向下面僧眾問道：“誰能把老虎脖子上的鈴解下？”眾僧面面相覷，無人能答，正好泰欽和尚走過來，應聲答曰：“須原將鈴系在老虎脖子上的人才能把鈴解下。”文益聽後，認為泰欽頗能領悟禪宗要義，此後對他器重有加。
六朝文化的駐足處。
唐以後的文人墨客，但凡來到南京，石頭城是必去的懷古之地。晚唐詩人溫庭筠、張祜，北宋詞人陸遊等都在這裏留下了千古名句。到了明朝，清涼山上又添了壹道風景——崇正書院。在這裏的進修的焦竑後來就中了狀元，而且是明代開國以來，南京人裏的第壹個狀元。薛冰說，焦竑的家就住在離清涼山不遠的北門橋，至今，那裏還有條焦狀元巷。
明末清初，畫家兼詩人的龔賢又在清涼山建掃葉樓。龔賢被稱為“金陵八家”之首，他的到來，為清涼山文化又添壹粒籌碼。
陸遊:同登石頭，西望宣化渡及歷陽諸山，真形勝之地。若異時定都建康，則石頭當仍為關要。或以為今都城徙而南，石頭雖守無益，蓋未之思也。惟城既南徙，秦淮乃橫貫城中，六朝立柵斷航之類，緩急不可復施。然大江天險，都城臨之，金湯之勢，比六朝為勝，豈必以淮為固邪？
溫庭筠:
百尺青崖三尺墳，玄言已絕杳難聞。戴顥今日稱居士，支遁他年識領軍。 暫對山松如結社，偶因麇鹿自成群。故山弟子空回首，蔥嶺還應見宋雲。
清涼山的風景
清涼山的歷史遺存有三大優勢。首先，具有自然景觀的優勢：外秦淮河、清涼山、烏龍潭、蛇山、龜山、五臺山，山水交融，東吳的石頭城、駐馬坡，唐代顏真卿的放生池和顏魯公祠，南唐的石頭清涼大道場和保大井(還陽泉)，明代的清涼門，悠遠綿長，且位置緊湊。
書院文化的遺址。
具有精英文化遺址的優勢：清涼山上有明嘉靖年間督學禦史耿定向創設的崇正書院，耿的得意門生焦來中了狀元，成為名重壹時的學者，重建的崇正書院則是建築大師楊廷寶的傑作；清代“金陵八家”之首龔賢的半畝園和掃葉樓也在清涼山。乾隆年間詩壇祭酒袁枚
水清木華的原指為清涼山
水含清光，樹現秀色，水清木華
隨園.袁枚.大觀園
?袁枚(1716壹1797)，浙江錢塘人，號簡齋。自幼才氣橫溢，乾隆四年進士，入翰林院，後歷任溧水、江浦、江寧諸縣縣令。年紀剛30出頭，仕途正如曰中天，他卻辭官，在金陵建隨園，過起了近似隱居的生活。人們稱他為隨園先生。
隨園遺址在小倉山壹帶。小倉山是清涼山的東脈，分南北兩支。北嶺即今上海路、青島路壹線，南嶺即今五臺山。兩嶺之間的水道即俗稱幹河沿。河未幹時，與烏龍潭相通。南唐時，清涼寺為南唐君主避暑地。當年，君主即乘船經幹河沿到烏龍潭登岸，上清涼山。
隨園與紅樓夢大觀園關系，在研紅者中有如下觀點:乾隆年間明義(其叔父是曹家姻親)說:“其(曹雪芹)先人為江寧織府，其所謂大觀園者，即今隨園故址。”他還在詩中寫道“隨園舊址即紅樓，粉膩脂香夢未休”。
《紅樓夢》中有關於護生符的詩，其中有“阿房宮，三百裏，住不下金陵壹個史”句。乾隆三十四年(1769)，袁枚好友蔣士詮(苕生)離開金陵。袁枚作詩挽留，其中寫道“金陵城，六十裏，容不住壹個苕生子”。這句式，似《紅樓夢》護生符詩句。說明袁枚讀過《紅樓夢》，而袁枚寫這首詩時間，曹雪芹才辭世沒幾年。