建武十壹年(公元35年)，馬援為隴西太守。夏，零羌先攻臨洮，馬援騎三千破之，八千余人降。馬援把他們遷到天水、隴西、扶風三縣。接著馬援和馬成攻打徐浩羌，徐浩羌逃到吳韻山谷。馬援悄悄地襲擊了他的營地，廣大羌人嚇壞了，轉移到唐逸谷。馬援繼續追擊，強大的羌兵率領精銳部隊占領了馬援的北山和陳冰山腳下。晚上，數百名騎手伏擊了他們，火燒山被釋放了。當時鑼鼓喧天，廣大羌人聞風喪膽，率眾奔逃。馬援要唱小夜曲，不便收糧食和牲畜。在這次戰鬥中，馬援受了傷，光武帝寫信安慰他。
建武十三年(公元37年)，武都聯合狼羌等塞外部落攻殺龍官。馬援帶領四千名親屬進行征服，當他到達卞道郡時，羌占領了這座山並堅守住了它。馬援順手砍斷了它的水草，不戰而降，逼得郝強帶領幾十萬戶逃離長城，剩下的都淪陷了。“於是隴右就安靜了。”
馬援的業務是發發慈悲，網開壹面，為官壹任，但也只是壹般。他還擅長軍事戰術，經常運籌帷幄，為光武帝所用。
建武十七年(公元41年)，足趾太守蘇定依法處死石索。石索的妻妹起兵造反，攻占了縣城。九真、日南、合浦“蠻夷”揭竿而起，大舉進攻嶺外六十余城，自稱自立為王。光武帝拜馬援為富博將軍，以樂福侯劉龍為副將，督船將軍段誌二次出征。大軍到合浦，段誌死了，和段上書。馬援入海，與山保駕護航千裏。建武十八年(公元43年)春，軍至郎波，破二征，斬首數千人，降萬余人。至於禁溪，馬援追求第二個標誌，但每次他擊敗它，它是分散的。次年正月，將邊、二簽斬首，傳至洛陽。馬援被授予“新西侯”的稱號，擁有3000個美食城。獎勵中士。馬援率領2000多艘船只，20000多名士兵，追趕第二次征收的剩余羊。自失敗後，得五千余人，余人分散，嶺南已定。馬援以西的縣城有32000戶人家，離這裏很遠。請分楓溪、望海兩縣，取得許可。馬援的地方，都“治城垛為郡縣，灌溉河渠，以利其民”。他還講了十多個犯法者和漢法者的故事，並加以糾正。“我與越人肯定了舊制度以約束它，從此羅嶽便追尋馬將軍的故事。”
馬援回到北京得到了巨大的回報。朋友紀萌互相祝賀。馬援說:“功德有賞，何以長久？”他以為匈奴和烏桓還在擾亂北方，他想要求打擊。他說:“如果壹個人死在邊境的田野上，把他的耳朵埋起來，他們死的時候還穿著靴子，他怎麽能躺在床上，在壹個女人手裏作惡呢？”紀萌稱贊他為“烈士”。
建武二十五年(公元49年)，馬援率軍到武陵的靈臨鄉，大敗蠻夷。之後，余忠逃進了竹林。
漢明帝年間，東漢初年的名臣都列在雲臺，唯獨馬援因其外戚(當時是皇後)而不在列。正是在中華人民共和國成立的第三年(公元78年)，張寒皇帝推行這壹政策，並使馬援成為壹個忠誠和成功的候選人。