戰鬥的中心是奪取戰場上的高地。兩軍軍旗在山麓上交織,戰況相當激烈。但隨著秀吉的後備力量不斷加入戰鬥,兩軍戰鬥力開始發生變化。下午七時,智軍崩潰,光秀下令撤退。他帶領700多名敗兵逃入聖龍寺城。接著,豐臣秀吉采納了軍事家黑田官兵衛的建議,避開了北門,全力進攻其他三面。士氣低落的城內士兵從北方的開城逃走,連光秀都無法阻止。為了東山再起,光秀和幾個最近的大臣離開聖龍寺城,逃到阪本城。在京都,山科的小古魯秀遭到了當地人的襲擊,廣秀被人用竹槍刺死。光秀下馬,在溝底被Shobee自殺。家臣佐久門和比田被刀劍所殺。當地農民發現了這三具屍體;兩個能識別自己,另壹個是無頭的,穿著桔梗花紋的華麗鎧甲。後來在附近的土裏發現了光秀的頭。這也是日本成語“天下三日”的由來。從發動“本能寺之變”到打敗織田信步再到打敗山崎明智光秀,僅僅掌握了十二天的世界。後人以此比喻執政時間短。