小千是天才神童的消息不脛而走，引來媒體跟進，小千嚇得極力回避。但小千突然想起他可以借此機會找到他的母親，於是決定接受采訪。但是小千不講述她的生活故事，她只能說出她最喜歡的童年話語，希望她媽媽能看到。水靈在電視上看到了小千，但她的腦海裏像閃電壹樣閃過壹些模糊的影像，這讓她感到頭痛欲裂。水靈想把圖靈變成小千的母親來哄騙小千，把她帶回女巫宮殿。然而，圖靈的表演使水靈變得聰明起來，水靈決定自己成為小千的母親。小錢乙以為媽媽真的回來找她了，正要和她壹起離開，小藍、瑪吉、若松美雪等人趕到，把小千搶了回來，又被水擊退。蕭乾很失望。同學們都知道了小倩媽媽的尋親活動，並決定發動全班同學在網上張貼小千的尋親海報，這讓小千非常感動。小蘭也收集了足夠的關愛能量，點亮了藍心石。
第29集:真假小藍
巫神們開始失去耐心，指責水靈等人沒能阻止心石收集正能量，並催促水靈阻止。小藍又吃光了家裏的零食，小藍放學後去商場接麥琪買零食，水靈跟小藍縱在壹起。瑪吉、若松美雪等人發現小蘭的行為與眾不同。最後他們發現了小蘭的真假。最後，瑪吉和若松美雪通過線索查出了小蘭的真實身份。原來，假小蘭是在裝水靈。被識破的水靈出現和大家對抗，大家最終用智慧破了水靈的陣。小蘭也收集了足夠的智慧能量，黃心石亮了。
第30集:惡靈
濕潤又失敗了，被巫神責怪。水靈決定嚴打。班上即將舉行壹場籃球比賽。小源成了隊長，瑪吉也參加了。遊樂積極訓練他們，大家士氣高漲，小蘭給他們打氣。然而，水壹樣的黑暗籠罩了學校，吸走了大家的正能量，讓大家都很沮喪。水靈黑暗要求小蘭交換彩虹寶盒，否則學生的正能量全部毀滅。最後，小蘭、瑪姬、薛梅等人聯手，用正義的能量驅走邪氣，釋放大家的正能量，同學們回歸正常，贏得了比賽。小蘭也收集了足夠的正義能量，讓橙心石發光。
第31集:沒有太陽的世界
魔仙堡的情況越來越糟，天氣越來越冷，沈沒的情況更是雪上加霜。大家開始擔心，女王還是希望魔法仙女城堡能活下來。大怒之下，巫師決定親自對付魔妖精，並發誓要毀掉彩虹盒。瑪吉和若松美雪來到海灘上玩耍，太陽在空中炙烤著。巫師突然改變了風雲的顏色，整個大地變得灰暗。太陽被烏雲遮住了。魔法仙子們嚇壞了，他們震驚於男巫和使者來到他們面前。巫師威脅魔仙們交出彩虹寶盒，並勸魔仙王盡快交權，否則人類世界將遭受前所未有的災難。巫師向他們展示了未來人類世界的悲慘狀況，魔法仙女們都心碎了。結果大家都把同情心變成了對敵的動力。小千還用《彩虹音符》中的咒語驅散了瑪吉和米雪的烏雲。巫師生氣的時候，暫時被擊退了。彩虹盒也收集了足夠的慈悲正能量，綠色彩虹心石亮了。加上這壹顆，五顆彩虹心石相繼被點亮。突然，巫神回來了，並試圖帶走彩虹寶盒。神奇的仙女們竭盡全力來保護它。最後彩虹寶盒被毀，心石收集的能量全部消失。本來已經亮起來的心石也失去了光芒，大家都嚇壞了。
第32集:心石又亮了
彩虹盒的能量消失了，魔法小仙女們都忍不住焦急地哭了起來。他們趕緊讓薛菲菲去通知女王。其實女王也知道，無奈之下，只好安慰大家，只有繼續努力。小蘭為自己沒有保護好彩虹盒感到愧疚，對自己的魔法完全失去信心，多次失敗。瑪吉、若松美雪、小千和遊樂試圖讓小蘭重拾信心。瑪吉和若松美雪假裝小千是被巫師推下山坡的，並向小蘭求助。可是小蘭覺得奇怪，看穿了大家的計劃。出乎意料的是，火靈和土靈突然出現，困住了小千。小蘭沖破了心理障礙，最終壹起救出了小千。小蘭終於明白了，他要先原諒自己，盡力去拯救魔仙堡。詩裏突然想起彩虹盒裏還有壹個謎，大家終於在彩虹音符裏找到了線索。原來彩虹盒的能量並沒有消失，只是啟動了自保能力。只要妳有法術，就可以重啟寶石能量。小千在彩虹筆記上念了壹段咒語，彩虹之心石的光芒再次亮起，就連代表寬恕的紫心石也亮了起來。是大家對小蘭的原諒，讓心石收集到了足夠的正能量。
第33集:小千處於危險之中
藍虹心石還是沒有反應，魔妖精們都很納悶。魔球，在彩虹盒的中央，無法知道它的作用。巫神對從心石中回收能量非常生氣，命令水靈和光明把小千帶回去。水靈和亮在學校裏遇見小千假意復習功課。作為水靈的守護天使，小千很樂意關心水靈。但事實上，水靈試圖抓住小千的魔法童話城堡，瑪吉和米雪跟著小千，並發現水靈原來是向導。每個人都開始戰鬥，但最終，小千還是被水靈俘虜了。當每個人都受到驚嚇時，他們決定回到魔法仙女城堡，向女王求助。
第34集:水精靈的真實身份
在女巫神殿裏，小千被巫神囚禁著，艱難地掙紮著，含糊不清地呼喚著他的母親。隨著小千的叫聲，他的頭像觸電壹樣疼痛。魔法仙女們決定把彩虹鳥帶回魔法仙女城堡。沒想到皇後不在魔仙堡，大家都急了。原來，女王已經趕往巫師宮營救小千，巫師之神威脅女王要和小千交出權力。魔法仙女城堡只剩下很短的時間了，時間限制壹到就會沈入湖底。回到人類世界的魔法仙女們急了，決定去女巫神龕幫助女王。當他們闖入巫婆神龕時，王後與巫婆神作鬥爭，巫婆神化成壹條魔蛇與王後同行。當女王想回到小千時，她被水靈攔住了，女王與水靈對峙，女王終於說出了自己的委屈。原來，水靈是小千的母親，魔法仙女林若，她因不滿當天女王坐上王位而憤然離開了魔法仙女城堡。巫神的意思是林若願意讓他洗去所有的記憶，而現在他什麽都不記得了。小千和魔法仙女們非常沮喪。女王帶著小千回去了，大家暫時回到了魔法仙子城堡。
第35集:魔法仙女的沈沒城堡
魔仙堡的時間在倒計時，彩虹之花的能量幾乎消耗殆盡，堡壘壹直在下沈。女王再次希望大家徹底撤退，但是精靈和魔法仙女都不願意離開。女王要求瑪吉、若松美雪和小千帶著彩虹盒子離開，因為那是魔法仙女城堡的唯壹希望，所以瑪吉和若松美雪帶著小蘭和離開了。遊樂自願入住魔仙堡，和小蘭在壹起很難過。水靈想起了女王在女巫神龕裏的話，很是疑惑，巫神害怕水靈恢復記憶，壹方面把水靈抓回來以示忠誠，壹方面想著殺死她。回到人類世界，瑪吉和若松美雪擔心彩虹寶盒沒有收集足夠的能量。潮濕似乎抓住了小千。面對小千，水靈有壹種奇怪的感覺，並試圖讓魔法仙女走。女巫之神突然出現殺死了水靈和小千，王後及時趕到。巫神變成了魔蛇，被巫神打傷的水靈在腦中重組記憶。最後，為了保護小千，水靈被巫神殺死了，小千很傷心。這時，彩虹寶盒中代表無私的藍心石亮了起來。出乎所有人意料的是，巫師哈哈大笑，做了最後壹個間諜，但是女王拒絕交出彩虹寶盒。巫師說太晚了，然後突然就走了。女王知道這樣不好。立刻回到魔法仙女城堡。
第36集:魔法童話城堡的重生
彩虹之花的能量已經耗盡，女王的能量已經無法支撐。神奇的童話城堡已經沈入湖底。女王立刻趕回魔法仙女城堡，大家都跟著她，但當她回來時，她驚訝地發現魔法仙女城堡已經沈沒了。瑪吉和若松美雪傷心極了，他們拿著彩虹盒流下了眼淚。此時，詩詩突然想起彩虹盒中央的魔球原來是時間之球。這時巫師又出現了，大家聯手對付。小千從彩虹音符中找出了七顆彩虹心石的合力，最終壹起打敗了巫師。小千也從彩虹音符中找到了起始咒語。忽然，天地變色，時光倒流。每個人都按照計劃準備發生了什麽，最後神奇的仙女城堡從湖中升起。所有人立刻帶著彩虹寶盒進入秘密花園，讓彩虹之花恢復能量，彩虹重現，魔法仙女林若重生，巫神被消滅，魔法仙女城堡恢復平靜。