電視劇中的女博士費明川是根據真實的歷史人物改編的，所以在服飾方面，劇組也充分考證了史實。據制作人黃蘭介紹，女博士費明川查閱了很多關於道具、美術、服飾、造型的史書，試圖還原明代的生活之美。比如大明服飾展示美國服飾，包括立領、袖子、緊袖口、百褶裙、金屬領扣等細節。因為電視劇剛開播，所以服裝比較簡單，但從海報上不難看出，劉詩詩藍色官服，繡花襯衫，素雅素服，貴妃宮廷服；霍建華反抗朱祁鎮皇帝的暗紅色龍甲；黃軒溫婉樸素的衣著，高度還原了明代服飾的特點。黃藍說:為了讓劇中的服裝更貼近演員的身材，很多服裝都是劇組手工制作的。
許多觀眾對劇中人物的服裝表示驚訝。有網友表示:這是歷年電視劇中明朝服飾復原度最高的古裝劇之壹。以前電視劇都是呆瓜。這部電視劇裏，古裝非常好看，最接近史實。
但也有觀眾贊同，也有網友質疑。因為在《女博士廢名傳》之前，還有壹部關於女博士出庭的韓劇《女博士》。很多網友認為《大長今》和女博士的衣服有太多相似之處，甚至有人質疑它是在抄襲韓國古裝劇:是不是越來越像韓國古裝劇了？但是有網友寫了壹篇科普文章:很多人認為韓服是視覺化的，因為他們先入為主。韓國曾經是明朝的藩屬國，服飾制度是明朝皇帝制定的。中國明代的戲很少，第二個是亂穿，所以大家都懷疑這種很還原的風格。
對此，女博士的宣傳員表示:明朝的服飾和朝鮮差不多。嚴格來說，朝鮮其實沿襲了明朝的服飾制度。朝鮮皇室的服裝是大明皇帝給的。他們沒有自己的服裝系統。後來朝鮮根據明朝的服飾做了相應的改進，形成了大家後來看到的韓劇服飾。所以嚴格來說，韓劇抄襲了我們。人們之所以認為明代服飾陌生，是因為有明代服飾研究者說:這是因為中國經歷了清代易服階段，造成了服飾文化的斷層，很難追溯到漢代和明代的服飾。韓國壹直在用，所以韓服體系比較完整。