謝安提出的“鎮內講和，朝廷作長遠打算”的主張，緩和了各方面的矛盾，得到朝野的支持，使東晉局勢相對穩定。謝安起用弟弟謝玄為兗州刺史，讓他在京口招募北方流民和江淮民兵，訓練壹支精銳新軍，名為“北府兵”。
382年(太原七年)壹月，前秦苻堅召集群臣商議南征，準備統壹中國。
當時，大多數人認為我們不應該輕舉妄動，但傅堅堅持己見。次年七月，苻堅下詔，揮刀斬金，在全國招兵買馬。八月，苻堅從長安出發，帶著來自秦軍的60萬步兵和27萬騎兵，從全國各地壹起南下。此時的付建很得意。出發前，連東晉皇帝和宰相的官號和住所都準備好了。
東晉聽說苻堅率軍南下，驚恐萬分。丞相謝安沈著，派弟謝石為大都督，弟謝玄為前鋒，率領八萬北府兵出征；另外五千名海軍陸戰隊員被派去增援壽春。
十月，前秦先鋒苻融攻占壽春，攻打石霞，派成亮等五萬人到羅箭(安徽定遠以西)，封鎖淮河，阻止金軍前進。晉軍受阻，駐紮在離羅箭二十五裏的地方。傅舒得知金軍先鋒糧草不足，便親自騎著八千匹駿馬趕往壽春。又遣俘虜許到金寨，要挾投降。
朱序沒有忘記他的故國。當他遇到謝石時，他告訴秦軍真相，並建議謝石利用前秦軍擊敗他的精神，爭取全面勝利。謝石采納了朱序的建議，派著名的士兵劉牢之在夜間進攻羅箭河，殲滅秦軍壹萬五千人。於是等引兵沿淮，與隔江相望，戰於淝河東岸。
苻堅聽說金軍進攻，就和苻容壹起去壽春城看情況。看到金軍組織嚴密，又看了看八公山(安徽壽春北)上的植被，以為都是金兵，心裏有點害怕。金軍被迫在水腳下擺開陣勢，謝玄派人要求傅榮把陣地後撤，以便金軍渡河決戰。苻堅試圖在晉軍渡河到壹半時發動突然襲擊，於是撤退了。不料隊伍大亂，朱序連呼苻堅敗走後，秦軍無法退兵。
晉軍追趕他們，秦軍的死者在路上休息。苻堅被劉亞抓住，自己逃回淮北，去洛陽安分守己，不過十萬余人。
淝水之戰是前秦試圖統壹全國的壹場戰爭。當時綜合各方面考慮，時間和條件明顯不成熟。淝水之戰後，由於戰爭的勝利，南方避免了壹場大的混亂和破壞，經濟文化繼續發展，同時也確定了南北長期對峙的局面。
淝水之戰後，北方再次分裂，東晉的外部威脅解除。東晉統治階級加緊爭權奪利，壓迫剝削人民，進壹步激化了社會矛盾。
東晉對自耕農的稅收剝削主要包括地租和戶轉。戶轉剝削大體沿襲西晉。330年(鹹和五年)，剝削地租改為按畝征收，每畝稅三升；喪帝時降為每畝兩升。公元376年(太原元年)，晉孝帝廢除了按畝征收的賦稅制度，規定除在職者外，諸侯繳納米三噸，公元383年，增加到米五噸。
在當時，徭役是人民最沈重的負擔。晉穆帝時，有人要求廢除60多名雜工，但很多都沒有廢除。
百姓為了逃避徭役，甚至自殘，“兒女不再養，寡婦不敢嫁。”對勞役的沈重剝削迫使大量自耕農破產逃亡。
在階級矛盾激化的同時，統治集團內部的矛盾也很尖銳。淝水之戰後，謝安權力進壹步加大，引起了孝武帝的懷疑，被迫離開鎮廣陵，將中央大權交給孝武帝的弟弟惠姬王司馬道子。
謝安死後，司馬道子獨攬軍政大權，引用太原宗室王國寶等官員掌管朝廷，不包括南兗州刺史王恭、京川刺史尹仲堪。
次年，王恭、殷仲堪以殺王國寶為名，反對司馬道子。司馬道子抵擋不住，殺了王國寶，要求王恭退兵。
次年，王恭第二次揭竿而起，尹仲堪、廣州刺史桓玄(桓溫之子)揭竿而起，紛紛響應。後來王恭叛逃到劉牢之，王恭被殺，桓玄吞並了尹仲堪等勢力。這次聯合叛亂也失敗了。
此時，桓玄占據長江中遊，劉牢之控制長江下遊北岸，高衙內控制淮南。只有會稽(浙江紹興)、永嘉(溫州)、新安(淳安)、吳(江蘇蘇州)等八郡由中央政府直接管轄，東晉政府把重擔全部壓在這八郡人民身上。
當階級矛盾尖銳，統治階級發生內亂時，瑯琊大宗室孫泰利用五門米道組織群眾發動起義。398年，孫泰被處死，他的侄子恩逃到了海裏。
399年(靈安三年)，司馬原憲下令在江東八郡征發“米楠為客”，轟動壹時。孫恩率領100多人登陸，很快發展到數萬人，於是攻占了惠姬。這時候，全國各地的奴隸和破產農民紛紛響應。江東八郡占奴地主利益受損，趁機“起來壹會兒”。
江東八郡很快被起義軍占領。東晉政府見起義軍龐大，趕緊派北府兵去鎮壓。為了避免損失，孫恩帶領20多萬人返回島上。後來孫恩三次登陸，大敗金軍，強軍建康。
淝水之戰後，前秦逐漸解體。苻堅控制下的各族精英都建立了自己的政權。半個多世紀以來，北方再次陷入分裂和混亂。從384年到439年，各族精英先後建立了十三個政權。
在關東地區建立政權的第壹人是慕容垂，他是前燕貴族，在淝水之戰中保存了實力。384年，自稱燕王，定都中山(河北定縣)，史稱後燕(384 ~ 407)。
次年，慕容沖稱帝，以長子(山西長治)為都城，史稱西延。次年，拓跋珪，鮮卑，稱代王，都聖樂(內蒙和林格爾)改稱魏，史稱北魏。
建國後，後燕很快就在關東消滅了前秦的勢力。392年，丁玲、翟昭建立的魏國被滅；隔壹年，西燕滅。恢復了顏倩的領土。395年，後燕大舉進攻北魏，被魏軍打敗，慕容垂死，子保繼位，內部大亂。此時，北魏攻占了首都中山和河北部分縣，後燕壹分為二。
398年，慕容德從鄴城遷至滑臺，自稱燕王，後定都光谷(山東益都)，史稱南燕(398 ~ 410)。
384年，阿強人姚昌自稱秦王，定都長安，史稱後秦(384 ~ 417)。秦末任用漢人地主，懲治貪汙，整頓刑獄，廢除苛法，改變了前秦末年的混亂局面。
西秦最早在河西走廊建立政權。西秦(385 ~ 431)是鮮卑戚復國人在隴西建立的，建都萬川(甘肅榆中)。淝水之戰，隨苻堅南征，戰後回到本部自立。後來被夏天毀掉了。
淝水之戰前，苻堅派隱士陸出使西域。呂光攻占龜茲，並“向三十多個國家的首領投降”。淝水之戰後，任涼州刺史。苻堅死後，建立了(385 ~ 403)，獨孤臧(甘肅武威)。