漢代的四合院建築得到了更新和發展。四合院受風水理論影響，從選址到布局都有壹整套陰陽五行觀。到了唐代，四合院繼承了漢代和宋元，前窄後窄。
但古代盛行的四合院是廊式院落，即以院落的中軸線為主體建築，四周有回廊，或者左右各有房屋，而不是四面都有房屋。唐朝後期出現了帶回廊的四合院，逐漸取代了回廊。宋代以後，回廊逐漸減少，明清時期逐漸消失。
元明清時期，四合院逐漸成熟。元世祖忽必烈“對老城居民說，京城太舊，住在高位(富人)和占位(在朝廷供職)者為先，定制八畝地為壹分”，分給去大都市建房的富商和官員，由此開始了北京傳統四合院大規模形成的時期。公元65438年至20世紀70年代初，北京後營房胡同出土的元代四合院遺址可視為北京四合院的雛形。明清以後，逐漸形成了北京獨特的四合院建築風格。
北京現存的四合院，在古代基本滿足了壹個家庭的需求。當時的四合院，有兩個入口，較大的四合院，通常是官僚、士紳的住宅。在現代，壹方面，四合院基本沒有給排水、供暖等衛生設施。另外，隨著科技的發展，出現了汽車、空調等設備，使得原有的四合院很難滿足現代生活的需求。另壹方面，像四世同堂的大家庭很少，富裕家庭通常願意在交通便利的郊區購買別墅，而不是住在人口密度高的市區。所以四合院作為民居是否還有價值，也是近代以來有爭議的問題。
隨著舊城保護的開展，原有的四合院被改造。例如，在1990中，清華大學教授吳主持了北京菊兒胡同四合院的改建工程。在保留四合院結構的基礎上，將原來四合院的平房改成樓房，增加了廚房、衛生間等設施。改造項目獲得了聯合國世界人居獎。在北京南池子的重建過程中，壹些四合院被改成了兩層，並修建了地下車庫。2006年，北京出版了《北京四合院建築要素圖》，作為四合院保護、修繕、更新、改造的參考。
建國後，北京的很多四合院都變成了雜院。改革開放後，隨著城市改造的發展，許多傳統四合院被拆除，如1998的康有為新嶽東閣、2000年的趙故居、2004年的蒙段胡同45號清代郭縣行宮、2005年的曹雪芹故居、2006年的唐紹欽故居等。同時，部分四合院被納入北京及各區縣的保護院落。
北京四合院是中國北方四合院的代表，同時又有自己的特色。壹般來說，北方平原的農業民族的房屋基本都是相互隔開的，房屋的凈高都不是很大，但是院落比較寬敞。這是因為北方氣候寒冷，較短的房子有利於保暖，寬敞的院落有利於采光。中國四合院住宅的院落大小與緯度的變化成正比。隨著緯度的增加，氣候越來越熱，但是庭院的深度卻越來越窄。這種情況與太陽的直射角度有關。北方寒冷，冬季需要充足的日照，而北方的日照高度角較小，所以房屋之間必須留有足夠的空間，才能獲得更好的采光效果。南方地區炎熱，夏天需要遮陽。因為太陽的角度高，為了防止太多的陽光照射，房屋之間的距離必須減小。據統計，吉林、北京、江蘇、浙江、福建等地四合院的庭院深度與房間高度之比平均為15∶3、10∶3、5∶3、6∶5。[2]比如吉林東北的住宅大院，呈長方形，房屋相距較遠，房屋分散在院子中間，廂房遠離主房布置，不遮擋主房光線，所以院子比較寬闊空曠，壹般面積約為1500平方米(m[2])(圖2)。之所以采用這麽松散的布置，是因為東北地廣人稀，蓋房子可以多占點地，也是因為冬天冷，廂房避開主屋可以讓主屋陽光充足。與北京四合院相比，吉林四合院的缺點顯而易見。屋內房屋互不相連，每棟房屋都以單體出現，布局松散。每套房子的用地面積太大，土地利用率低，尤其是房子後面。有些沒用過的人已經讓它沒用了。另壹個主要問題是廂房太長太多，使得院子形成壹個長長的長方形。這些房子不適合光線不足。