尤其在中國檔案事業發展史上具有紀念意義的是，受組織的委派，自1952年10月，吳寶康在中國人民大學主持創辦了新中國第壹個檔案學專業，開始了建設新中國現代檔案學和檔案專業高等教育的畢生追求。
他先後任中國人民大學專修科檔案班主任兼檔案教研室主任、檔案專修科主任、歷史檔案系系主任兼黨總支書記，並任中國人民大學黨委委員、常委。中國檔案學會壹、二屆副理事長，三、四屆名譽理事長。 ”文化大革命中“吳寶康受盡折磨，後與家人被“發配”江西勞動，留下了腿腳之患。1978年4月，黨中央批準恢復中國人民大學，吳寶康重返工作崗位，歷任人大檔案系主任、教授、研究生導師，還擔任了南京大學、蘇州大學、上海大學、空軍政治學院等校兼職教授，培養和造就了大批檔案專業人才，直至1988年2月離休。1992年國慶節，因其對我國檔案高等教育事業的突出貢獻，榮獲國務院發給的政府特殊津貼及證書。
吳寶康運用馬克思主義理論，長期潛心於檔案工作與檔案學理論的研究，著述頗豐，主要有《檔案學理論與歷史初探》、《檔案學概論》、《論檔案學與檔案事業》、《當代中國檔案學論》、《檔案學簡明教程》、《中國大百科全書，檔案學》、《檔案學詞典》和《論新時期檔案學與檔案事業》等。他長期擔任中國人民大學學報《檔案學通訊》的總編輯、編委會主任，是新中國檔案學基礎理論和中國檔案學思想史研究的開拓者之壹。
吳寶康早年在江蘇從事革命工作，壹直關心著江蘇的建設和檔案事業的發展。20世紀80年代初到90年代，吳老曾多次到江蘇各地考察工作，作學術報告，推動了江蘇檔案學術活動的開展。作為《檔案與建設》期刊的顧問，吳老更是傾註了滿腔心血。期刊籌備時，吳老就給以熱情支持，並在1984年創刊號上發表專稿《明確樹立檔案科學觀和政策觀，開創檔案工作新局面》。從1984年到1996年，吳老在《檔案與建設》上發表了《出路在改革，關鍵在利用》、《檔案工作要為“科教興國”服務》等有影響的文章。
吳寶康同誌於2008年5月2日晚11時56分因病醫治無效在北京不幸逝世，享年91歲。