目前學界對真菌的分類有很多不同系統，本文按《真菌詞典》第9版（2001）的分類系統對真菌進行簡要分類。 營養體為原生質團，以整體產果的方式繁殖，營養體以原生質割裂的方式形成大量散生或堆積在壹起的孢子囊。形成的孢子囊有兩種，壹種是薄壁遊動孢子囊，由無性繁殖產生；另壹種是休眠孢子囊，壹般認為是有性生殖產生的。形成遊動孢子囊的原質團和形成休眠孢子囊的原質團在性質上有所不同：前者是單倍體的，由遊動孢子發育而成；後者是二倍體的，壹般認為由兩個遊動孢子配合形成的合子發育而成。休眠孢子囊萌發時通常釋放出1個具有2根長短不壹尾鞭型鞭毛的遊動孢子。因此，這類休眠孢子囊習慣上稱為休眠孢子。休眠孢子分散或聚集成堆以及休眠孢子堆的形態是原生菌類植物病原菌物分類的重要依據。根腫菌均為寄主細胞內專性寄生菌，寄生於高等植物根或莖的細胞內，有的寄生藻類和其他水生菌物上，寄生高等植物的往往引起寄主細胞膨大和組織增生，受害根部腫大，故稱為根腫菌。僅根腫菌綱（Plasmodiophoromycetes）根腫菌目（Plasmodiophorales）根腫菌科（Plasmodiophoraceae），已知月15屬46種。在Ainsworth（1973）分類系統中與卵菌、壺菌同屬於鞭毛菌亞門（Mastigomycotina）。