彭司勛十分重視教材建設。建國初期，由於藥學教材缺乏或內容陳舊，他在講授有機分析、毒物分析和藥品鑒定等課程時，即自編講義，充實新的內容。如1952年擔任全國法醫師資提高班的毒物分析教學任務時，他克服重重困難，自編教材，指導實驗，深受同學們歡迎。隨著教學發展的需要，他深感要培養出合格的藥學專業人才，必須更新教材，要編著適合中國高等醫藥教育的系統教材。他認為教材應根據培養目標，內容精，深、廣度適宜，既要理論聯系實際，又要能反映學科的發展。1957年，他受衛生部的委托，主編中國第壹本藥學專業的《藥物化學》教材。1964年修訂後，該教材內容更加充實，不僅受到國內醫藥院校廣大師生的好評，而且日本、香港、新加坡藥學會曾來函要求交換，在國際上產生了影響。此後，他還擔任教學參考書《藥物化學》（1978年）的修訂、統稿工作。1985年，又主編全國化學制藥專業的《藥物化學》教材（1988年）。根據該專業的培養目標和藥物化學面臨的任務，這本教材內容作了較大的調整，增加了藥物的構效關系、作用機理、生化代謝和藥物設計等內容，並充實了新藥研究的基本知識。後又主審醫藥函授教材《合成藥物化學》 （1989年）。1988年，被聘為衛生部高等醫藥院校藥學類教材評審委員會主任委員。
彭司勛還出任《中國藥學年鑒》主編。該書是逐年連續出版的反映中國藥學事業主要成就和發展概貌的綜合性藥學工具書，已出版七卷，在國內外有壹定影響。他還是《當代中國的醫藥事業》（1988年）的常務編委， 《中國醫藥工業雜誌》 、 《中國高等醫學教育》和《實用醫學詞典》 （1988年）的顧問，《漢英醫學大詞典》（1987年）和《中國藥典》英文版（1988年）、 《藥學學報》 、 《藥理學叢書》 、 《國外醫學——藥學分冊》等雜誌的編委，衛生部藥典委員會委員（1959—1990年）。
自1950年底回國任教以來，除前述的課程外，他還講授《藥物化學》 、 《藥物設計》和《藥化選論》等課程，對待教學工作認真負責，精益求精，講解清晰，重點突出，能理論聯系實際，深受同學們的歡迎。
1956年，他開始招收藥物化學研究生，1981年，中國學位條例施行後，國務院學位委員會批準他為首批藥物化學博士研究生導師。他親自講授學位課程，對論文工作嚴格要求，耐心指導。他還緊密結合業務工作，經常對學生進行政治思想和品德教育，使青年人在學習科學知識的同時，也受到嚴謹的治學態度、踏實的工作作風和為人民服務的思想熏陶。彭司勛不論對本科生、研究生，還是對青年教師，壹貫嚴格要求，循循善誘。他教書育人，誨人不倦的精神深受廣大師生的稱頌。
1978年，恢復研究生招生以來，彭司勛招收碩士生32名，已畢業獲碩士學位26名。招收博士生5名，已畢業獲博士學位2名。代招出國研究生6名，其中，1人已獲博士學位回國。1989年，彭司勛被評為江蘇省優秀研究生導師。
40多年來，彭司勛為國家培養了壹大批藥學人才，他們遍布全國各地，其中許多人已成為中國藥學事業的骨幹，成為某些領域的專家、學術帶頭人或單位的領導。