真菌分類系統屢有變動，國內植物病理學界長期采用Ainsworth(1971)系統，將真菌界真菌門劃分為鞭毛菌亞門接合菌亞門子囊菌亞門擔子菌亞門和半知菌亞門由於分類系統的變動，此種廣義的“真菌”已不復存在根據《真菌詞典》第8版(1995)第9版(2001)和第10版(2008)，原來屬於鞭毛菌的根腫菌卵菌絲壺菌等已歸入其他生物類群，真菌界現包含子囊菌門擔子菌門球囊菌門和壺菌門，半知菌不再作為分類單元