據專家學者們考證，璦琿魁星閣大約建於清朝光緒十八至二十六年間，即公元1892年~1900年。民國璦琿縣公署檔案中的《中國地理大詞典縣邑調查表》對魁星閣是這樣記述的：“城內東隅有魁星樓壹座，高約三丈余，均為磚木砌成，上塑魁星像，登樓俯瞰城郭，歷歷在目。庚子之亂，全城盡被焚毀，惟此樓巍然獨存，實可為古跡之壹也。”
魁星閣歷來就是人們登高遠望的最佳去處。登上閣頂，極目遠眺，古城全貌、十裏大江盡收眼底。然而，當看到江東大片沃土已不屬於中華民族時，我們的心情可想而知。
魁星閣也曾有過不準遊人登高觀賞的歷史。1933~1939年年間，偽滿混成15旅步兵18團1944年偽滿璦琿守備隊將魁星閣作為崗樓時，成為軍事要地，遊人當然是要避而遠之的。
璦琿魁星閣從始建至今，百余年間，歷盡滄桑，命運多舛。1900年，沙俄侵略者將古城璦琿付之壹炬，整個城市變為廢墟，魁星閣卻奇跡般的得以幸存。45年後，即1945年8月，蘇聯紅軍的炮火又正正當當的擊中了它，致使閣頂塌陷。1950年，當地居民又將傷痕累累的魁星閣拆毀，只剩下了長條基石。1975年6月，動工修建璦琿歷史陳列館時，才在原地豎起了“魁星樓遺址”的標牌。
鑒於魁星閣是中華民族珍貴的文化古跡，它不僅目睹了中華民族恥辱的壹頁，也記載了我國軍民可歌可泣的英雄事跡。為此，原璦琿縣委、縣政府於1980年作出復建魁星閣的決定，並得到黑龍江省委、省政府的積極支持。同年7月，復建工程正式動工。施工圖紙是根據當時任嫩江縣人民武裝部部長的陶茂璞同誌珍藏的壹副璦琿魁星閣的老照片繪制的。
復建工程歷時3載。1983年7月16日，中***黑河市委、市政府為落成的魁星閣舉行典禮儀式。原黑龍江省省長陳雷同誌為魁星閣題寫了“魁星閣”三字匾額。壹年之後，來自遜克的個體雕塑家王衛德為魁星閣雕塑了栩栩如生的魁星像，為魁星閣復建工程劃上了壹個句號。
復建後的魁星閣高16米，底邊各為8米。建築古樸渾厚，氣勢宏偉。2002年下半年，由於魁星閣與璦琿歷史陳列館新館不協調，又進行了重新改建。