馬長生教授曾多次應邀參加國際學術會議。1996年7月在大連參加“犯罪控制與公眾參與國際研討會”,1997年4月在香港參加“違法犯罪青少年的懲教與康復”學術研討會,1998年8月在韓國漢城(後改稱首爾)參加第12屆國際犯罪學大會,2000年12月在北京參加“世紀之交刑法學研究的熱點問題”國際學術研討會,2002年12月在湖南湘潭參加“中國—歐盟死刑問題國際研討會”,2003年8月在韓國釜山參加由韓國比較刑法學會主辦的“2003年夏季國際學術研討會(危險社會的刑事對策)”,並在中國法學會刑法學研究會代表團的安排下,同著名刑法學家馬克昌教授壹起,應邀在韓國刑事政策研究院先後發表學術演講。馬長生教授在國際學術研討會上發表的學術觀點,曾被國內外諸多媒體和學術刊物報道與發表,產生了壹定影響。
馬長生教授於2003年還以湖南省法學會副會長的身份,代表湖南省法學會,聯系湖南省五所大學的法學院和湖南省政法機關***同參與,具體組織領導承辦了中國法學會刑法學研究會2003年年會,取得了圓滿成功。
從20世紀八十年代以來,馬長生教授特別關註腐敗犯罪的懲治與預防,先後出版了《經濟犯罪的定罪與量刑》(1988年),《瀆職犯罪的定罪與量刑》(1989年),《腐敗犯罪學研究》(2002年),《刑法熱點問題研究》(2003年),《國際公約與刑法若幹問題研究》(2004年),《經濟犯罪熱點問題研究》(2005年),這些著作從不同角度對腐敗犯罪發生的原因,防治的措施,個罪的定罪與量刑等諸多問題進行了有價值的研究與探討。馬長生教授與中國社科院法學所資深學者歐陽濤先生***同主編並由馬長生為主撰寫的《經濟犯罪的定罪與量刑》，是我國全面研究經濟犯罪的早期著作,被陳興良博士主編的《中國法學著作大詞典》(中國政法大學出版社1992年版)稱為“從理論與實踐的結合上,較為系統地、科學地論述了有關經濟犯罪的情況、特點、原因、預防等壹系列理論問題,闡明了經濟犯罪定罪量刑的有關問題,對於促進我國經濟犯罪的理論研究具有壹定的意義。”中國政法大學刑法教研室資深學者王誌文先生在《湖南法學》1990年第壹期發表書評認為,歐陽濤、馬長生主編的《經濟犯罪的定罪與量刑》“既解決了經濟犯罪的許多理論問題，又解決了司法實踐中有關經濟犯罪定罪與量刑的許多實際問題，顯示了本書的理論深度、較大的科學價值和司法實踐的現實意義，對於刑法學界有關經濟犯罪理論研究和司法實踐中更有力地同經濟犯罪作鬥爭，均有壹定的推動和促進作用。”這部著作於1991年5月被湖南省法學會授予“湖南省法學研究優秀成果”壹等獎，1992年4月被湖南省委、省政府授予“湖南省首屆社會科學優秀成果”三等獎。馬長生教授還主持了由湖南省社科成果評審委員會、湖南社科界聯合會1999—2000年立項的重點科研課題《腐敗犯罪學研究》，並與蔡雪冰教授合作，在《中國青年政治學院學報》2000年第三期、《法學雜誌》2001年第三期先後發表學術論文《關於構建腐敗犯罪學的幾個問題》、《腐敗犯罪學論要》，率先提出將腐敗犯罪學作為壹門新的學科來構建。《腐敗犯罪學研究》在中央黨校教授林喆博士的積極參與下順利結項，並由北京大學出版社於2002年出版。這部著作被學界認為是將腐敗犯罪學作為壹門學科進行研究的首部著作。馬長生教授主編的《國際公約與刑法若幹問題研究》由北京大學出版社於2004年12月出版後，中國法學會刑法學研究會會長、著名刑法學家趙秉誌教授在《檢察日報》發表書評，認為該書開創了“刑法學研究的新境域”。