高昌回鶻既有本身獨特的文化，也頗受高昌地區傳統漢文化的影響。當宋使王延德訪問高昌時，遼朝派往高昌回鶻的使臣也承認：“高敞（昌）本漢土”。
有關這壹地區漢文化的記載很多，如當時高昌國仍“用開元七年（719）歷，以三月九日為寒食，余二社（春社、秋社）、冬至亦然”；當地有“佛寺五十余區，皆唐朝所賜額，寺中有《大藏經》、《唐韻》、《玉篇》、《經音》等”；“有敕書樓，藏唐太宗、明皇禦劄詔敕”；北廷有“應運太寧之寺，貞觀十四年（640）造”。 8世紀，回鶻人開始使用以粟特字母記回鶻語言的回鶻文。回鶻西遷後，這種文字在高昌境內延續使用至17世紀，回鶻文影響深遠，遼太祖時，有壹位回鶻人出使契丹，阿保機之三弟耶律叠刺向他學習回鶻文，從而創造出“契丹小字”。蒙古文最初亦是以回鶻文字母記蒙古語言而創制的。努爾哈赤的部下，又在蒙古文字母的基礎上，創制了無圈點的“老滿文”。可見契丹小字、蒙古文、滿文都在壹定程度上淵源千古回鶻文。
在高昌古城壹帶，曾出土許多從13世紀初起印刷的回鶻文、漢文、梵文、西夏文、藏文、蒙古文木刻印刷品，其中以前三種文字為主。在敦煌又發現1300年左右制作的回鶻文木刻活字。這種活字是模仿漢文活字而制成的。高昌回鶻在中國印刷術西傳中起過壹定作用。 高昌回鶻的宗教信仰前後有變化。西遷以前的回鶻信仰摩尼教，他們將這壹信仰帶到了高昌。高昌原為佛教盛行之地，回鶻遷入高昌地區以後，逐漸從摩尼教轉信佛教。
宋乾德三年（965年）十壹月，“西州回鶻可汗遣僧法淵獻佛牙、琉璃器、琥珀盞”於宋。這表明當時高昌回鶻已以信仰佛教為主。高昌回鶻以西主要信仰伊斯蘭教。
宋嘉定十四年（1221年）長春真人西遊至“回紇昌八刺城”（今新疆昌吉市），當地的“回紇僧”，告訴他：“蓋此以東昔屬唐，故西去無僧道。”這就是說，過昌八刺出了盛行佛教的高昌回鶻地區，再往西就不再有和尚與道士，而是信仰其它宗教的地區了。另外，回鶻最初在漠北信仰的薩滿教，對高昌回鶻仍有若幹影響；在高昌也還有少數景教徒存在。 在高昌古城和巴什力克發現了高昌回鶻時期的壁畫，大都屬於佛教畫像，也有摩尼教壁畫。所畫人像有漢人、回鶻人、印度人和歐羅巴人種的畫像。壁畫的風格以中國式和希臘—印度乾陀羅式二者的混合為主，有明顯的東西文化交融的傾向。高昌回鶻人喜愛音樂，“好遊賞，行者必抱樂器”。高昌王宴請宋朝使臣王延德等時，“張樂飲宴，為優戲”；泛舟遊湖時，“池四面作鼓樂”。龜茲樂當時仍在龜茲和高昌