分析它們之間的關系，要有精神哲學（包括認識論）和社會哲學的視野。
1、三者的含義（區別）
①壹般說來，思想是指思維即理性認識的結果。思想往往具有體系性，是思想體系的簡稱。
參見《現代漢語詞典》的釋義：
思想（1）客觀存在反映在人的意識中經過思維活動而產生的結果。思想的內容為社會制度的性質和人們的物質生活條件所決定，在階級社會中，思想具有明顯的階級性。（2）念頭；想法：她早有去農村參加農業生產的～。（3）思量。
②常見用法，主義是指影響廣泛的理性認識。例如，馬克思主義、列寧主義、弗洛伊德主義。
參見《現代漢語詞典》的釋義：
主義（1）對客觀世界、社會生活以及學術問題等所持有的系統的理論和主張：馬克思列寧～｜達爾文～｜現實～｜浪漫～。（2）思想作風：本位～｜自由～｜主觀～。（3）壹定的社會制度；政治經濟體系：社會～｜資本～。
③作為名詞，理論是指系統化的理性認識。
參見《現代漢語詞典》的釋義：
理論（1）人們由實踐概括出來的關於自然界和社會的知識的有系統的結論。（2）辯論是非；爭論；講理①（多見於早期白話）。（3）理會②（多見於早期白話）。
2、三者的聯系
①主義是具有特定內容、影響廣泛的思想體系，其理論性質有真理和謬誤之分。
②不同時代的人們創立的主義、思想和理論可能具有壹脈相承的精神聯系。
科學發展觀，是同馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論、“三個代表”重要思想既壹脈相承又與時俱進的科學理論，是馬克思主義關於發展的世界觀和方法論的集中體現，是馬克思主義中國化最新成果，是中國***產黨集體智慧的結晶，是發展中國特色社會主義必須堅持和貫徹的指導思想。——中國***產黨章程（中國***產黨第十八次全國代表大會部分修改，2012年11月14日通過。《人民日報》（2012年11月19日01版）