1、意思不同。神出鬼沒原指用兵靈活機動，後泛指變化迅速，出沒無常，不可捉摸。鬼神莫測的意思是事情極詭秘，神鬼也難測度，指誰也推測不出。
2、出處不同。鬼神莫測出自無名氏《馬陵道》，神出鬼沒出自劉安《兵略訓》。