1487年，明憲宗逝世。太子朱佑樘即位，改年號弘治，朱佑樘就是明孝宗。明孝宗即位後努力扭轉憲宗時朝政腐敗狀況，驅逐奸佞，逮捕侍郎李孜省、太監梁芳， 罷免外戚及黨羽 。裁汰傳奉官，罷免右通政任傑、侍郎蒯鋼等千余人，論罪戍斥。革除法王、佛子、國師、真人封號。處死妖僧繼曉。任用賢能，提拔徐溥、劉健、李東陽、謝遷等名臣參與機密事務。提倡直言進諫，多次修省，求直言，並令講官進講直言勿諱。註意節儉，減免供用物料，節省各種費用。孝宗勤於政事，多次減免災區糧賦。禁止廷臣請托公事，禁宗室、勛戚霸占土地，侵奪民利 。重視司法 ，令天下諸司審錄重囚，慎重處理刑事案件。弘治十三年(1500年)定《問刑條例》。十五年，《大明會典》成。孝宗在位18年，執政期間，社會矛盾有所緩和，統治階級內部亦較穩定，外患平定，史稱弘治中興。
弘治十八年(1505年)五月七日逝於乾清宮,享年36歲，謚“達天明道純誠中正聖文神武至仁大德敬皇帝”。據說，孝宗因為偶然風寒。太監張瑜，太醫院使施欽，院判劉文泰，禦醫高廷和等人不診視就開藥，致使孝宗誤服藥物，鼻血不止而死。十月十九日葬泰陵。
孝宗是明代中葉唯壹的較為勵精圖治的賢君。他即位後，首先裁抑宦官及佞幸之臣,太監梁芳、外戚萬喜及其黨羽均被治罪。又淘汰傳奉官2000余人;罷遣禪師、真人等240余人：佛子、國師等780人，被追回誥敕印仗，遣歸本土。並調整內閣班底，罷免了不學無術、依附權要的閣臣萬安、尹直等人。