1 、佛經故事選，重慶出版社，1985，7+343頁；中華書局，2007年11月，8+9+214頁
2 、大唐西域求法高僧傳校註，中華書局，1988，4+20+2+301頁
3、 佛教史話，商務印書館，1991，66頁
4 、南海寄歸內法傳校註，中華書局，1995，3+187+268頁
5 、唐高僧義凈生平及其著作論考，重慶出版社，1996，4+2+198頁 1 、大唐西域記校註，中華書局，北京，1985，1990，1995，19+149+1116頁；參加撰寫人員：季羨林、張廣達、朱傑勤、楊廷福、耿世民、張毅、蔣忠新、王邦維；個人承擔工作：協助季羨林修改初稿，核對引文，繪制圖表，校對等
2 、東方文化詞典，撰寫有關印度佛教的全部詞條，北京大學出版社，1993 1 、也談嚼楊木的由來，《學術研究》，1983，第2期，廣州，第109頁
2 、義凈籍貫考辨及其它，《中華文史論叢》，1984，第4輯，上海古籍出版社，第77-90頁
3 、論義凈時代的印度佛教寺院，《南亞東南亞評論》，第2輯，1988，北京大學出版社，第113-150頁
6 、部派、大乘和小乘，《南亞東南亞評論》，第 3輯，1989，北京大學出版社，第89-113頁
7 、略論古代印度佛教的部派和大小乘問題，《北京大學學報》，1989，第4期，第64-72頁
8 、敦煌本《南海寄歸內法傳》（P.2001）題記，《中國文化》創刊號，三聯書店，1989，第44-46頁
9 、記劍橋的中國書，《書品》，1990，第4期，中華書局，第48-68頁
10 、陳寅恪先生讀三種《高僧傳》劄記輯錄，《中國文化》，第2期，三聯書店，1990，第149-155頁
11 、略論大乘《大般涅盤經》的傳譯，《季羨林教授八十華誕紀念論文集》，江西出版社，1991，第769-787頁；又載：《中華佛學學報》，第六期，臺北，1993，第103-127頁
12、 Buddhist Nikayas through Ancient Chinese Eyes (condensed version), in Buddhist Studies: Present and Future, Selected Papers of the IABS 10th International Conference, UNESCO, ed. by A. Gurugé, Paris, 1992, pp.65-72
13 、鳩摩羅什《通韻》考疑暨敦煌寫本S.1344號相關問題，《中國文化》，第7期，三聯書店，1992，第71-75頁；又載：《敦煌吐魯番學研究論集》，書目文獻出版社，1996，第68-80頁
14、 新版《宋高僧傳》卷壹至卷三校點商榷數例，《古籍整理研究學刊》，1993，第4期，長春，第28-29頁
15、 安息僧與早期中國佛教，《伊朗學在中國論文集》，北京大學出版社，1993，第83-93頁
17 、峨眉山繼業三藏西域行程略箋釋，《南亞研究》，1993，第 2期，北京，36-40頁
18 、雜藏考，《國學研究》，第2卷，北京大學出版社，1994，第561-573頁
19、 跋梵文貝葉經說出世部比丘律 Abhisamacarika，《中國文化》，第10期，三聯書店，1994，第116-123頁
20、 Buddhist Nikaayas through Ancient Chinese Eyes (full version), in Untersuchungen zur buddhistischen Literatur, ed. by H. Bechert, Göttingen, 1994, pp.165-203
21 、義凈《南海寄歸內法傳》佚文輯考，《清華漢學研究》，第1輯，清華大學出版社，1994,第167-175頁
22 、謝靈運《十四音訓敘》輯考，《國學研究》，第3卷，北京大學出版社，1995，第275-300頁；修訂稿載：《北京大學百年國學文粹》，語言文獻卷，1998，第631-646頁。
23 、唐代新羅赴印求法僧事跡考實，《韓國學論文集》第4輯，社會科學文獻出版社，1995,第66-73頁
24 、說出世部比丘律 Abhisamacarika (《威儀法》)第壹品第壹節，《北京大學學報》（東方文化研究專刊），1996，第21-24頁
25、 禪宗所傳祖師世系與印度佛教付法藏的傳說，《學人》，第10輯，江蘇文藝出版社，1996,第351-365頁
26 、玄奘的梵音“四十七言”和義凈的“四十九字”，《周紹良先生欣開九秩慶壽論文集》，中華書局，1997，第225-230頁
27 、The Indian Origin of the Chinese Buddhist Chan School's Patriarch Tradition, in Dharmaduta: Mélanges offerts au Vénérable Thích Huyên-Vi à l' occasion de son soixante-dixième anniversaire, ed. by Bhikkhu T. Dhammaratana and Bhikkhu Pasadika, Paris, 1997, pp.261-270
28、 Mahayana or Hinayana: A Reconsideration on the yana Affiliation of An Shigao and his School, in Bauddhavidyasudhakarah, Studies in Honour of Heinz Bechert on the Occasion of his 65th Birthday, ed. by P. Kieffer-Pülz and J. Hartmann, Swisstal-Odendorf, 1997, pp.689-697；修改稿又載：《伊朗學在中國論文集》，北京大學出版社，1998，第106-114頁
29 、論安世高及其所傳學說的性質，《佛教與中國文化》，宗教文化出版社，1997，第667-682頁
30 、北京大學的印度學研究：八十年的回顧，《北京大學學報》，1998年第2期，第98-104頁；又載：《復印報刊資料﹒世界史》，中國人民大學書報資料中心，1998，第5期，第3-9頁
31、 釋迦牟尼時代以後的提婆達多派，《中國佛學》，第壹卷壹期，臺北，1998，第217-223 頁
32 、四十二字門考論，《中華佛學學報》，第十二期，臺北，1999，第17-24頁
33、 說壹切有部與中國佛教史的研究，《印順思想》，臺北：正聞出版社，2000，第117-123頁
34 、論阿富汗新發現的佉盧文佛教經卷，《中華佛學學報》，第十三期（卷上），臺北，2000，第13-20頁
35 、關於“洛州無影”，《魏維賢七十華誕論文集》北京大學出版社，2000，第302-305頁
36、法顯與《法顯傳》：研究史的考察，《世界宗教研究》，2003年第4期
37、“洛州無影”與“天下之中”，《 四川大學學報》(哲學社會科學版)，2005年第4期
38、佛教與世界史研究，《史學理論研究》，2006年第1期
39、哈佛燕京圖書館所藏胡適的幾封英文信，《北京大學學報》(哲學社會科學版)，2007年第2期
40、季羨林先生與中華書局和《文史知識》，《文史知識》，2009年第9期
41、佛教觀念中的“眾生”與“民族”，《法音》，2009年第9期
42、我們怎麽研究東方文學——緬懷季羨林先生時的感想，《國外文學》，2009年第4期
43、季羨林的學術成就與中國的東方研究，《作家》，2009年第18期
44、“都廣之野”、“建木”以及“日中無影”，《中華文化論壇》，2009/S2
45、梵學、印度學、東方學與中國文化研究——季羨林先生的治學範圍和路徑，《中國文化研究》2010年第1期 1 、印度教倫理規範《摩奴法論》評介，《圖書評論輯1978-1988》，中國社會科學出版社，1988, 第208-211頁，
2、 讀新版《入唐求法巡禮記校註》，《東方文化》，第 2期，1994，廣州，第75-77頁，
3 、評新出兩種研究《慧超往五天竺國傳》的書，《敦煌吐魯番研究》，第壹卷，北京大學出版社1996，第415-420頁
4 、Studien zur Indologie und Buddhismuskunde，《敦煌吐魯番研究》，第二卷，北京大學出版社，1997，第363-368頁
5、 Sanskrit-Texte aus dem buddhistischen Kanon: Neuentdeckungen und Neueditionen,《敦煌吐魯番研究》，第二卷，北京大學出版社，1997，第368-373頁
6 、Xuanzangs Leben und Werk： Teil I, II, IV，《唐研究》，第三卷，北京大學出版社，1997，第543-549頁
7、 Untersuchungen zur buddhistischen Literatur, Zweite Folge,《敦煌吐魯番研究》，第四卷，北京大學出版社，1999，第605-611頁
8 、《梵字悉曇入門》書序，《梵字悉曇入門》，林光明著，臺灣嘉豐出版社，1999，第4-8頁