1983年，南京靈谷寺被定為漢族地區佛教全國重點寺院。
2004年，靈谷寺新建仿唐建築玄奘院。
2014年4月，靈谷寺舉行開山1500周年慶典暨第四屆金陵禮佛文化月活動。
2016年1月8日，靈谷寺玄奘院地宮舉行落成儀式，鎮寺之寶--玄奘的頂骨從玄奘院大殿移駕地宮內保存。以後，地宮將作為這份玄奘頂骨的永久存放和供奉之地。