佛教徒耕種農田在中國最早始於東晉。如在中國佛教史上居於重要地位的僧人釋道安（312－385）初入釋門時即常“賫經入田，因息就覽。”考慮到東晉安帝義熙元年(公元405年)時就有人就指責沙門“或墾殖田圃，與農夫齊流”，想必當時寺院農業已有相當規模。
禪者並不像人們所認為的那樣總是特立獨行、聽松觀雲，其實很早即與農業有著密切的關系。南朝劉宋時來中國的罽賓國沙門曇摩蜜多（356－442）不僅大弘禪業，譯出《禪秘要經》三卷等重要經文，而且“植柰千株，開園百畝。”當然，這還不是真正意義上的“禪宗農業”。
禪宗農業形成的前提是禪者的定居。盡管早在東漢建安年間（196－220）普凈禪師即在荊州玉泉山（今湖北當陽縣）結茅安居，但直到南北朝時，禪者廣為流行的修行方式仍然是或遊化、或冢上、或樹下的頭陀苦行，要麽就是獨居凈室結跏趺坐。此時既沒有農業生產的必要也沒有這種可能。
如果說定居是禪宗農業形成的前提，那麽大規模地聚居則使其農業耕種成為現實。這以禪宗四祖道信(580－651)和五祖弘忍(602－675)廣聚徒眾為主要標誌。隨著僧團人數的擴大，且許多禪寺又位於深山偏遠之處，若無農業生產而僅靠乞食和信眾的施舍顯然是難以為生的，這使禪宗的農業生產得以形成。同時，在生產工具落後的農業社會，人口是最重要的生產力，只有禪者人數不等的定居和聚居才可以使勞動生產有著規模化的效應，提高禪者的物質供應能力。
禪者的獨居使其得以成為獨立的經濟主體。禪者之初住於律寺，唯別院而居。以馬祖道壹禪師（709－788）於唐大歷年間開叢林安禪侶為標誌，禪者從律寺中獨立出來而使禪宗農業以獨立的角色得到發展，既能得到社會和信眾的土地供養，同時也形成了自己的特色農業生產。
“禪門規式”的制定和實施使禪宗農業建立在如法的基礎之上。由於佛教強調眾生平等和不殺生命，認為農業生產勞動如鋤地等會傷害無數的地下生命而得無量罪孽，同時也為抑制物欲，因而佛教反對出家人“安置田宅，壹切種植，斬伐草木，墾土掘地。”[4]《十誦律》《梵網經》等諸本戒律對此都嚴加禁止。唐德宗興元元年（784）懷海禪師（720－814）入百丈山（今江西省奉新縣）開山建寺、大揚禪風，折衷大小乘戒律而制“禪苑清規”。在清規中提出了“壹日不作壹日不食”的口號，並成為禪者的生活信念和行為方式，使禪者的農業耕種建立在符合戒律和倫理的詮釋之上：
問：斬草伐木，掘地墾土，為有罪報相否?
師雲：不得定言有罪，亦不得定言無罪。有罪無罪，事在當人。若貪染壹切有無等法，有取舍心在，透三句不過，此人定言有罪。若透三句外，心如虛空，亦莫作虛空想，此人定言無罪。
又雲：罪若作了，道不見有罪，無有是處。若不作罪，道有罪，亦無有是處。如律中本迷煞人及轉相煞，尚不得煞罪。何況禪宗下相承，心如虛空，不停留壹物，亦無虛空相，將罪何處安著?
禪宗生產、生活方式的演變決定了僧團倫理觀念的演變，而“百丈清規”正是這壹演變的結晶。“壹日不作壹日不食”的意義在於它從宗教倫理和善惡的本質意義上肯定了勞動的道德性和合律性，也是對中國文化傳統中重視勞動、反對乞食和不勞而獲的融合。正所謂“墾土誅茅、運薪汲水、豎拳豎指之類皆自性天真之道用也。”
“壹日不作壹日不食”要求每壹個僧尼都要參加勞動和寺院建設，這即是禪門中的“普請”（俗稱“出坡”）勞動原則，意思是普請大眾，上下合力，***同勞動。其後禪門高僧如黃檗開田擇菜，溈山摘茶合醬，石霜篩米，雲嚴作鞋，臨濟栽松鋤地，仰山牧牛開荒，洞山鋤茶園，雪峰斫槽蒸飯，雲門擔米，玄沙砍柴等等都是這種價值認同的具體表現。
百丈開創的“禪苑清規”不久即行於全國，“天下禪宗，如風偃草。”這不僅標誌禪宗發展的壹個新階段，也促進了禪宗農業發展到壹個新的階段。 隨著禪宗農業的進行，大的叢林即在此基礎上很快地形成。四祖道信在湖北黃梅雙峰山三十余年聚眾五百，五祖弘忍居東山二十余年徒眾七百之余，六祖惠能禪師歸寶林寺時有緇白千余人。
叢林經濟發展初期，由於缺少手和商業活動，禪宗經濟的主要形式、成份也是其基礎的即是農業。同時，人數的增長與農業發展得以互相促進。大規模的人力使用和大面積土地耕種，叢林經濟得以迅猛發展，其主要表現即是土地的大規模集中。與中國佛教其它宗派壹樣，禪寺的土地來源有著如下幾種：
壹\是“賞”或“賜”。憑借僧眾或寺院的社會威望以及和傳統優勢從國家（皇室）那裏得到賞賜，“賜田”是寺廟取得土地的壹種主要方式。如隋晉王楊廣“欽敬禪林，降威為寺檀越，前後送戶七十有余，水硙及碾、上下六具永充基業，傳利於今。”在唐代，寺院還從國家那裏依法得到壹些土地，如唐代的均田法令規定，“凡道士給田三十畝，女冠二十畝，僧尼亦如之。”壹般說來，南北朝時帝王的土地賞賜往往帶“莊”附之以民，顯示的是領主經濟形式，而唐以後則往往僅賜之以“田”，經濟性質則是雇傭勞動。
二\是“施”或“捐”。從貴胄、富豪和信眾那裏得到土地，壹些較小規模的捐贈因積少成多也達到驚人的數量。禪者以其獨具特色的理論吸引了壹大批世俗知識分子、名士和官宦。他們的資助或幫助也促成了世俗化、莊園化的禪宗農業或經濟。唐昭宗天佑四年（907），撫州崇仁縣鄧進兄弟三人買地創普安禪院，並隨附良田三十頃。北宋太祖時，知雄州安守忠壹次就施給廣慈禪院土地5770畝。南宋紹熙元年，直秘閣張镃舍自己府第及田地六千三百余畝為慈雲禪寺。南宋時蔣山了明禪師住徑山時，受楊和王敬重，隨舍蘇州莊田於了明禪師，歲可收入達二萬斛。
三\是“買”或“奪”。僧院通過自身的生產經營或從破產農民那裏購買或兼並而得到土地。唐代普光禪師，利用勸募，購海埔地壹千多畝，築岸成田，年收入千斛。唐肅宗（756－761）時，揚州六合縣靈居寺賢禪師就“置雞籠墅、肥地莊，山原連延，亙數十頃。”昆明太華山佛嚴寺的《常住田地碑記》則對自己如何購置田產作了詳實記載：
（元）至元23年（公元1268）以銀370兩買到安登莊人李阿黑、張保、江茂等絕嗣民田三項，凡板田89畝7分，秧田55畝2分，***144畝9分，收租粒83石8鬥。至元25年（公元1288）以銀價315兩買到和尚莊張阿四、楊春發、華文英、李美等絕嗣田二項，凡板田132畝3分，秧田38畝8分，***170畝1分，收租粒53石8鬥……
四\也是更具意義是禪者依其艱苦的勞動開荒墾田。盡管它也許不是叢林土地的主要來源，但卻是禪宗農業在整個“寺院經濟”中的根本特征。
如南泉普願禪師（748－834）於貞元十壹年入池陽南泉山，“堙(又作“煙”)谷刊木，以構禪宇；蓑笠飯牛，混於牧童；斫山畬田，種食以饒，”足不下南泉山長達三十年之久。憲宗元和（806－820）末年，靈佑（771－853）禪師奉其師懷海之命，至湖南溈山弘揚禪風，初時，“猿猱為伍，橡栗為食”，其後禪者師徒邊禪邊農，到鹹通年間（860-874），溈山禪林則為僧多而地廣，佃戶達千余家，還有七歲童子為其放牛。其它如安巖山華嚴院僧無盡，於寺院附近的蓬道奧山開辟廢田八百畝。象山蓬萊山壽聖禪院永凈法師，開山田三百畝，植松十萬余株。寧波天童寺開墾海埔地，歲收三千斛。這種開墾出的土地促進了禪林經濟的發展，使許多叢林具有了莊園經濟的規模。而且，壹些著名禪寺的“常住田”的經營時間也很長，像弘忍的真慧寺莊（位於湖北黃梅縣五祖山）、惠能的寶林寺莊（位於廣東曲江縣曹溪山，或稱南華禪寺）從唐初壹直到宋代，時達幾百年。所以後世才有禪者言：“良田壹片望無涯，曠古相傳佛祖家。”
禪者開荒墾地在唐以後仍然十分突出。北宋禪師圓璣（1021-1103）“荷擔叢林，不知寒暑，墾荒地為良田；蒔松杉為美幹，守壹職，十年不易。”機簡堂住饒之管山時，“十七年火種刀耕，備嘗艱苦。”無明慧經（1548－1618）禪師墾土掘地四十余年。明代無異元來（1575－1630）禪師搬柴運水、墾土掘地“三二十年”。“天下名山僧占多”的前提也是結果的即是“天下名山僧建多”、或者是“天下名山僧墾多”。宋時雪竇禪師之嗣湛庵曾結茅建寺於仙居方巖，清人潘耒在其《遊仙居諸山記》中說其處“山頂寬廣，與臺郡城等。有田可耕，有池不涸，可以避世。如桃園、仇池在半空中也。”
唐經五代至兩宋是禪宗的輝煌時期，五家七宗（即溈仰、臨濟、曹洞、雲門、法眼五宗和由臨濟宗分出的黃龍派和楊岐派之合稱）各競其說。據印順法師統計，在惠能其後的22個著名弟子中，除臨濟宗的義玄活動於北方，其它均在南方。它們主要分布在荊楚、湖湘、吳越和閩粵壹帶。五代時吳越王錢镠（907－932在位）皈依禪法，將江南教寺改為禪寺，於是江東禪剎興盛。加上兩宋時頻繁出現“革律為禪”也使包括律寺在內的諸宗寺廟成為禪寺，吳越之地日漸成為禪宗中心。禪宗經濟的發展也與之相應從荊楚、湖湘之地慢慢地集於吳越、蘇松地區。尤其是在中國南方、江左，由於開發較晚，存有大量荒地，它們通過禪宗寺院的建立和發展而得以開發。九世紀中葉後，以農業為主的江南禪林經濟發展迅速，禪宗田莊迅猛壯大，壹些有著名禪師駐錫的禪院，土地及農業生產的規模十分驚人的，出現了類似於世俗地主莊園的經營方式。如唐末義存（822－908）在福州的雪峰莊，智孚在信州的鵝湖莊，道膺（835－902）在洪州的麥莊等。荊州玉泉寺於北宋天禧（1017～1021 ）末年更名為景德禪寺，其規模占地左右五裏，前後十裏。南宋時，有著皇家寺院色彩的杭州壽聖禪寺，有山田地四千五百畝。顯然，禪宗經濟為此壹階段“寺院經濟”的主要成分。
雖然宋代禁止寺觀買賣土地，但禪寺叢林仍然得到朝庭豐厚的賜賞。
元代重喇嘛教，但是從禪僧的優裕生活仍可見禪林的農業興盛和經濟繁榮。元代臨濟宗懷信（1280－1357）即自稱：“余九歲出家，於今過六十矣。至於逍遙廣廈，顧步芳陰，體安輕軟，身居閑逸。星光未旦十利之精饌已陳，日彩方中三德之珍羞總萃。不知耕獲之頓弊，不識鼎飪之劬勞。……余且約計五十之年，朝中飲食，蓋費三百余碩矣；寒暑衣藥，蓋費二十余萬矣。爾其高門邃宇，碧砌丹楹，軒乘仆豎之流、機案床褥之類，所費又無涯矣。”
不過，對於禪林經濟的發展和自己何以“不知耕獲，不識鼎飪”而得優裕生活，他只是理解為是佛祖的功德：“長六尺之軀，全百年之命者，是誰所致乎？則我本師之願力也。”而沒有看到正是因為農業的發展，更沒有看到其中存在的雇傭勞動和禪林內部也日益加重的經濟剝削。
正因為宋元兩世禪宗農業的發展和寺莊的擴大，禪宗農業才從小規模的勞動形式發展成了規模化的農業生產。作為現實的反映和要求，此時集成的各本“禪苑清規”對田林果蔬、佃戶勞動、錢米租息等設有專人進行嚴密的組織和管理：設有“園主”（“園頭”）負責栽種菜蔬、及時灌溉；設有“莊主”（“下院執事”）負責巡視田界修理莊舍，提督農務撫安莊佃；設有“值歲”負責坡務耕種、收租，兼管常住竹木管理；設有“知山”主管田地產業，使其界限分明以免爭訟，為此不少寺院都立有“常住田地碑”；設有“巡山”負責竹木茶筍的照管；設有“監收”負責錢糧糓米的出入租息；設有“庫子”司掌，主持出榜禁約，提點耕種、監管諸莊陂堰或山林茶筍抽長。從中也可看出，此時禪林農業使用有大量佃戶，所以需要專設人物和機構來管理租息的出入。
明代佛教高僧倡三教（儒、釋、道）合壹、諸宗（禪、凈、教、戒）融合，但事實上凈土宗更為受歡迎，禪宗雖已顯疲憊，但其農業經濟仍然可觀。從明末南京的靈谷寺和開界寺兩大禪寺的年收入可見壹斑。 把修行和農業勞動結合起來，“默耕田地，力鋤葛藤”，“泥泥水水壹年農”，不僅能砥勵心誌，也是文化中的耕讀傳統在禪林中的體現。
早在道信和弘忍時，禪徒不僅通過勞動達到自給，同時也視運水搬柴無非佛事，舂米作飯正好參求，做到農禪並重。在壹些禪宗燈錄中，諸如“看田回，上堂”或“師壹日與僧觀稻次”之類的話經常見到。
農業生產和禪林在禪師的心中有著重要的地位，故而有禪師說“大眾盡心為常住開田，山僧盡心為大眾說禪。”也有那種聞知收入“四五百石麥，二三千石稻”而欣喜萬分的禪師。壹些禪師在耕作之余，還寫出詩文表達自己邊農邊禪、豐衣足食、自得其樂的心情：
掘地倦來眠壹覺，鋤頭當枕勝珊瑚……開畬墾地閑消遣，佛法身心半點無，蘿葡收來爛熟蒸，曬幹香軟勝黃精。
相反，對於那種不諳農事的寺主，長老則嚴加斥責，如：
祖問佛鑒：“舒州熟否？”對曰：“熟。”祖曰：“太平熟否？”對曰：“熟。”祖曰：“諸莊***收稻多少？”佛鑒籌慮間。祖正色厲聲曰：“汝濫為壹寺之主，事無巨細悉要究心。常住歲計，壹眾所系，汝猶罔知。……汝不思常住物重如山乎？
禪者並不是僅僅把勞動作為壹種謀生的手段，更是作為觸類見道、直指本心的修行方式，實質上即是從勞動中悟修行，以修行促勞動。《祖堂集》《景德傳燈錄》《五燈會元》等典籍不僅寫出了禪者田園生活的艱辛、純樸和快樂，還記載了禪者鬥禪談玄之精彩，表現了他們從現實的勞動中悟到的禪修真諦。如唐朝布袋和尚著名的壹偈：“手把青秧插滿田，低頭便見水中天，心地清凈方為道，退步原來是向前。”
正因為禪宗師徒把禪修與勞動相結合，所以禪門中也才流傳著如“溈山摘茶”和“廬陵米價”等與勞動有關的“公案”或“話頭”
在禪門中，還有為數不少的規模很小的寺廟，其農業生產實事上即是個體生產。禪僧過著“刀耕火種就巖縛屋，壹榻蕭然”的生活。滿足的是“疏泉墾荒為田以自給，舂炊樵汲皆躬為之，”和“春墾半畝畦，秋收壹擔粟。”當然，若遇災害，他們的生活可能比個體農民更為簡單清苦，甚至其農業經濟就會破產。如下詩所言：
去年河伯大為災，青秧蕩盡田如海，蝗蟲繼起勢遮天，掠地傷苗數千裏。……更加春雪大如拳，半月霏霏不肯止。……檀那（即施主）不至將誰倚，鐵板雖掛舊堂前，托缽空回烹白水，僧徒鳥散無可棲。 由於生產力水平低下，禪宗農業本質上仍然是小農經濟形態，屬於簡單的自然經濟，除去基本生產工具的采辦，沒有手和商品生產，因此禪林經濟對社會依賴性不大。由於叢林農業的相對分散，每壹禪林的農業生產又都是孤立的，生產體制因而是封閉的，生產規模又是相對狹小的。但在壹套行之有效的制度和傳統的保證下，叢林內部基本上貫徹的仍然是原始***產主義的分配方式。
與唐時河洛地區和東西兩京的著名寺院不同，雖然大的禪寺莊園也擁有佃戶或雇工，但因其修行方式的影響，禪寺叢林大都遠離都市和中心，少了世間紛爭。盡管歷經安史之亂、唐武宗和北周世宗的“法難”、北宋徽宗和明世宗崇道抑佛，但禪林和禪林經濟都沒受到毀滅性的打擊，因為它們並不是完全依賴於政治力量和世俗地主式莊園經濟的支持而存在的。禪者正是以禪林農業為基礎的農禪並重，奠定了自己壹千多年的經濟基礎。