在關原合戰勝負未決的時候，德川家康以“清君側”和“保護秀賴”的名義，取得大多數豐臣家舊將的支持。家康正是依靠加藤清正、福島正則和黑田長政等豐家舊將的奮戰，才在關原的戰場上取得了決定性的勝利。清正或許並沒有意識到自己正在幫助家康奪取幼主秀賴的江山。他之所以會站在家康壹邊，既是出於對石田三成強烈的憎惡，也是因為他懷著“保護豐臣家”的執著信念。
關原合戰取勝後，大權獨攬的德川家康以自己的行動向世人昭示了這樣壹個現實--日本不再是豐臣家的，而是他家康的。在他的支持下，公卿九條兼孝成為新的關白，沈重打擊了豐臣家的政治威信。慶長八年（1603）二月，德川家康就任征夷大將軍，兩年後，他把將軍之位讓於嗣子秀忠。至此，無論是在名義上還是在實際上，德川氏都已經取代豐臣氏，成了日本的統治核心。
德川的眼中釘
關原合戰之後，家康將小西行長所領的肥後半國賞給了加藤清正，於是清正成了領有肥後壹國五十二萬石的大大名。加藤清正在江戶的宅邸位於櫻田門外，櫻田屋敷的外門屋檐上裝飾著貼金的老虎，北面的土墻上栽滿了樫木，被稱作“樫之木阪”，整座櫻田屋敷充分體現了武家的威嚴。
清正是壹員文武雙全的名將，他的武藝師自兵法家冢原小傳次，學問方面則可以算是大儒藤原惺窩的弟子。但是令人驚奇的是，青年時代的清正是壹個不折不扣的文盲，他是在江戶開始自己的求學歷程的。成為大大名後的加藤清正，把自己的“胸無點墨”視為恥辱，為此他延請江戶初期的名儒藤原惺窩為自己講解《論語》，和清正壹起聽講的還有淺野長晟。除了惺窩之外，清正還曾求學於清原賢秀、江村專齋。江村專齋對加藤清正曾有如此評價：“政事有余暇，則遊嬉於翰墨場，以從學禪林誌骨......而殫思於韜略、研精於《語》、《孟》。”清正除了自己求學不倦以外，還鼓勵家臣們鉆研儒學。他的《掟書》中訓誡家臣們“應註重學文，讀兵書，勵忠孝之心，須停止閱讀詩歌連句”。
關原合戰後，清正得以更好的施展自己的民政才能。他除了完成自慶長四年（1599）就開始建築的熊本城，又在自己的新領地內大興水利，此外，他還積極參與了江戶城和名古屋城的修建。
加藤清正在政治上是比較務實的，他將女兒尼姬嫁給了家康的第十子--紀州賴宣，他的另壹個女兒小矢姬也成了德川家重臣的夫人。在家康的安排下，清正的嗣子忠廣與家康的外孫蒲生秀行（其母乃家康三女振姬）之女訂立了婚約。毫無疑問，加藤清正是想通過與德川家的政治聯姻來保證本家的地位，然而他的努力並未受到預期的效果。加藤清正和福島正則對秀吉舊恩的念念不忘令家康疑懼，久而久之，清正和正則成了家康的眼中釘（原文為“獅子身中之蟲”為害群之馬的意思），日本歷史上著名的“二條之會”就突出反映了這壹矛盾。
西陲的孤忠
盡管家康奪取了豐臣家的天下，但是雄偉的大阪城和他的主人豐臣秀賴依舊是他最大的威脅。這倒不是因為大阪城有多堅固，也不是因為秀賴母子具有過人的韜略。真正讓家康感到威脅的是加藤清正、福島正則等豐家舊臣和島津氏、前田氏等實力雄厚的外樣大名。如果這些強藩在秀賴的旗幟下團結起來的話，必將動搖剛剛建立的德川幕府。有鑒於此，家康不得不隨時留意在大阪城中深居簡出的豐臣秀賴的行動。這位太閣秀吉的遺子究竟是什麽樣的人呢，他究竟是天才還是庸才呢？這些問題使家康對秀賴產生了濃厚的興趣，而且他也找到了壹個合理的會面理由，那就是秀賴和千姬的婚事。
按照秀吉生前和家康的約定，秀賴娶家康的孫女、即將軍秀忠之女千姬為正室。千姬嫁往大阪之後，家康多次邀請秀賴前來江戶面晤。澱君作為生於戰國亂世的女性，對秀賴此行的安全不能不感到憂慮，因此她壹次次的以秀賴年齡尚小為由，拒絕了家康的邀請。澱君拒絕的另壹個原因是，家康要求秀賴對自己執臣下之禮。澱君對此耿耿於懷，把這看作是德川家康對豐臣家的侮辱，因為她依然壹向情願的認為豐臣家是天下第壹家族。家康讓秀賴執臣下之禮的目的是為了觀察已為成人的秀賴的才器（其實無論在實力、輩分、官位還是實際地位上，秀賴理所當然的位居家康之下）。於是會面壹事就這樣壹直拖延著，直到慶長十六年（1611）三月，家康動身來到京都，再次向秀賴提出會晤的要求。這時秀賴已經成人，澱君無法再以秀賴年幼的借口來搪塞家康。澱君不得已，只好答應讓秀賴前往京都與家康會面。
澱君擔憂秀賴會在京都被家康謀害，為了確保萬無壹失，她命令加藤清正必須拼死保護秀賴的安全。在殿君看來，秀賴壹出城，就等於陷入了德川壹方包圍中。澱君考慮再三之後，決定將秀賴的安全拜托給加藤清正和福島正則和淺野長晟三位老臣。加藤清正的夫人水野氏乃家康養女，淺野幸長和德川家又有姻親關系，澱君對於這樣的狀況並非不了解，但是除了這三位尚念舊日恩義的老將之外，她還能指望誰呢？經過壹番商議，大阪方決定由加藤清正和淺野長晟護送秀賴前往京都，福島正則率領壹萬精兵留守大阪以備不測。事實上，清正在建築熊本城的時候就已經有所準備了，根據《有方錄》的記載，清正在熊本城的天守閣上辟出“昭君之間”，這是他專門為豐臣秀賴準備的避難所，為了豐家清正不惜與幕府壹戰。慶長十六年三月二十七日，豐臣秀賴走出了大阪城，這是他壹生中頭壹次也是最後壹次離開大阪。秀賴壹行乘船沿著澱川向京都進發，澱川兩岸加藤清正和淺野長晟親自率領弓隊和鐵炮隊擔任護衛。家康派遣自己的第八子義直和第九子賴宣在澱迎接秀賴壹行。豐臣秀賴在織田有樂齋、加藤清正和淺野長晟等二十余人的陪同之下徑直進入了二條城。家康設下盛宴款待清正和長晟，並指派親信平巖主計頭親吉全權負責招待事宜，但是清正不為所動，自始至終都沒有離開秀賴身邊半步。據說，在這次會見中，清正已經做好了萬不得已時刺殺家康的準備，萬壹刺殺不成，秀賴、清正和長晟遇害，留守大阪的福島正則就會按照事先的約定殺死澱君，然後縱火焚城、切腹自盡，好在這樣的事情終於沒有發生。然而，加藤清正和福島正則的行動最終使他們付出了沈重的代價。
關原會戰時，家康在進攻上杉的行軍途中接到三成起兵的消息，詢問伴隨的大名的去就，第壹個表示支持家康的就是正則。討伐三成的力量上又加了壹個砝碼。福島正則仗著自己對德川氏有功，才會在二條禦所會晤的時候做出那樣的舉動。直到元和五年（1619），正則被改易的時候，他還說：“要是家康還活著，壹定不會這麽待我。”這是正則被改易之後所說的話，然而卻只是他幼稚的想法。德川幕府抑制外樣大名的政策是貫穿於整個江戶時代的，這種政策是以幕府的最高利益為前提，和德川家三百年的基業相比，任何感情因素都是微不足道的。
“豐臣家得享安泰，我清正終於報答了太閣殿下的恩義啦！”這是清正在二條會晤結束後所說的話，反映了那時他內心的喜悅。然而，誰能想到，清正的生命已經到了盡頭，清正在返回肥後的途中病倒，從此以後再未能從病床上起來。二條會晤三個月後，慶長十六年（1611）六月二十四日，壹代名將加藤清正的心臟停止了跳動，享年五十歲。
死因迷團
有關清正的死因，幾百年來壹直是人們爭論的焦點。有不少人認為是德川家康謀害了加藤清正，但這僅僅是人們的猜測，或許清正的死因將永遠成為壹個不解之迷了。
因為加藤清正對豐臣家的忠誠，江戶時代的史學家賴山陽以“西陲僅存臣武光”的詩句將他比作南朝名將菊池武光。加藤清正和菊池武光，這兩員相隔二百余年的武將的確存在著某種類似的地方，但是清正對豐臣家的忠誠也絕非百分之百的，畢竟維護自家的利益才是他的根本目標。