釋迦佛兩旁，還有兩位尊者，東邊是大弟子迦葉尊者，西邊是堂弟阿難陀尊者，前面是千手千眼觀音。民間傳說：古時有個老人，養了三個女兒，壹天老人病了，需要人眼做藥引子。大女和二女都不管，而小女自願獻出自己的眼睛，治好老人的病。此事感動了釋迦牟尼，便創造了壹個千手千眼觀音來紀念她，並站在自己的面前。 大雄寶殿建築，體現了"閩南佛殿"四大特點：壹、墻上有"清影搖風"、"楚江秋吟"等山水花鳥畫，和"神河沐浴"、"六年苦行"等釋迦牟尼誕生故事的連環畫。二、屋脊是彎月起翹、紫燕淩空，顯得輕巧靈動。三、構造精巧，技藝講究，屋脊嵌有"九鯉化龍"、"麒麟奔走"、"鳳凰展翅"等圖案，都是剪瓷鑲嵌而成。四、建築材料取材本地花崗巖、青鬥石，所有梁、柱、礎、鬥拱、欄幹都獨具特色。 大悲殿建於清初，被火焚燒。1930年太虛和尚重建，1962年重修。大悲殿內奉祀觀音，其余三面為48臂觀音，掌中各雕壹只手眼。手上持多種法器，姿態不壹，各臻其妙。 大悲殿為八角三重飛檐，全以鬥拱架疊建成，殿內藻井，全用木料鬥拱，不用壹支鐵釘。仰視藻井，別致美麗。 藏經閣為兩層文物樓。建於1936年。樓下是法堂，是僧人講經說法的地方。 二樓是玉佛寶殿，有緬甸玉佛28尊，並珍藏中外佛典經書數萬卷。其中較為珍貴的有宋代《磧砂藏經》，明代《大藏經》、《佛說阿彌陀經》、血書《妙法蓮花經》、《日本大藏經》等，還有唐代銅佛、宋代銅塔、明代觀音菩薩施甘露像，以及高僧大德的墨寶。 1924年，南普陀寺由臨濟宗轉逢和尚改為十方叢林選賢制，會泉法師任第壹任方丈。寺內有1925年創辦的為國內最早的佛教學府－－閩南佛學院