《潛行者》各個人物的結局是：方嘉樹圓滿完成任務、陶玉玲踏上新的征程、蘇雅露舍身取義、吳曉亮自我了結、葉興城被殺。
1、方嘉樹圓滿完成任務
在劇中，方嘉樹有三重身份，分別是我方特工、軍統特工、76號情報科副科長。因此，方嘉樹要想順利完成我方任務，就必須要跟各股勢力周旋，稍有不慎，便會滿盤皆輸。此外，他還要甄別隱藏在我方內部的奸細。於是，方嘉樹的生活如履薄冰，始終小心翼翼而活。
不過，他最後還是暴露了，遭到了葉興城和李立行的圍堵。關鍵時刻陶玉玲說服蘇雅露跟自己合作，成功幫助方嘉樹死裏逃生。而方嘉樹也因此看到了陶玉玲的智慧和格局，最終方嘉樹獲得愛與成長，主動表白陶玉玲。
2、陶玉玲踏上新的征程
對於陶玉玲而言，方嘉樹就是自己的引路人。她原本是受封建時代摧殘的童養媳，卻在方嘉樹的鼓勵下，成為了我方特工的壹員。為了更好的掩護方嘉樹的身份，她只好帶著壹對兒女，以妻子的身份投靠方嘉樹。
但方嘉樹卻覺得陶玉玲只是壹個潑辣的婦女，根本不知道世間險惡，遲早會拖累自己。沒想到陶玉玲卻機智過人、有勇有謀，讓方嘉樹刮目相看。最終，兩人日久生情。
而陶玉玲經歷過生死後，便變得獨立清醒，渴望自己變得更加強大後，再與方嘉樹相遇。因此，陶玉玲開始以新的身份，踏上了新的征程。
3、蘇雅露舍身取義
雖然蘇雅露和方嘉樹陣營不同，但是他們都心懷大義。對他們而言，國家的安危比個人的得失更為重要。最終蘇雅露在幫助方嘉樹逃跑的過程中，被人亂槍打死，結局悲慘收場。
4、吳曉亮自我了結
吳曉亮親眼目睹蘇雅露犧牲後，便對方嘉樹更加憎恨。最終，兩人來了壹場近身搏鬥，吳曉亮最終失敗收場，選擇了自我了結。
5、葉興城被殺
葉興城是《潛行者》中的反派設定，他是76號行動處的處長，其主要任務，便是揪出我方的臥底“杜鵑”，也就是潛伏的男主方嘉樹。起初，葉興城只是為了爭風吃醋嫁禍方嘉樹，沒想到方嘉樹真的是隱藏的臥底。當葉興城發現線索的時候，便展開了對方嘉樹的伏擊，只可惜進入了早就設好的埋伏，最終被殺。